12 августа 1679 г. в Жировицах униатские епископы во главе с Киприаном Жоховским составили послание в Рим, в котором ходатайствовали о разрешении на проведение Собора, а также о создании в униатской церкви собственного патриархата. Решением Сената Речи Посполитой Собор должен был начать работу 24 января 1680 г. в Люблине. Для участия в Соборе в Люблин с униатской стороны прибыли Киприан Жоховский, Владимирский и Брестский епископ Лев Заленский, Смоленский епископ Митрофан Друцкий-Соколинский, Холмский епископ Иаков Суша, Пинский епископ Маркиан Билозор и Перемышльский епископ Иоанн Малаховский, а также делегация василиан во главе с протоархимандритом Стефаном Мартишкевичем-Бусинским. Православную сторону представляли Луцкий епископ Гедеон (Святополк-Четвертинский), епископ Иосиф (Шумлянский), наречённый Перемышльский епископ Иннокентий (Винницкий), около 20 архимандритов и игуменов, представители белого духовенства и мирян. Из-за опоздания королевских комиссаров открытие Собора перенесли на 26 января. В этот день Киприан Жоховский получил от папского нунция в Варшаве послание, в котором напоминалось о запрете Рима на любые переговоры, касающиеся вероучения. Одновременно король сообщил униатам, что православные не будут участвовать в переговорах с католиками без согласия Константинопольского патриарха. Тем не менее, представители униатов и православных приняли участие в совместной трапезе, во время которой было зачитано послание короля Яна Собеского, предлагавшего отложить проведение Собора, т.к. послы волынской православной шляхты из Луцкого братства заявили протест против Собора, созванного без участия православных восточных патриархов. После провала Люблинского собора деятельность Киприана Жоховского, главным образом, была сосредоточена на попытках добиться открытого присоединения к унии епископа Иосифа (Шумлянского) и епископа Иннокентия (Винницкого). 10 января 1681 г. по инициативе Киприана Жоховского на сейме в Варшаве началось обсуждение данного вопроса. К 18 марта епископы оформили условия оглашения их перехода в унию, настаивая на отсрочке церемонии до тех пор, пока в их епархиях не будет завершена работа по привлечению к унии всей паствы, и на предоставлении им мест в Сенате Речи Посполитой. 26 марта в Варшаве состоялась церемония произнесения Львовским и Перемышльским архиереями католического исповедания веры перед Киевским католическим епископом Станиславом Витвицким в присутствии Киприана Жоховского и папского нунция, о чём на следующий день новые епископы-униаты сообщили в послании папе Иннокентию XI. Однако процесс вовлечения духовенства и мирян в унию занял в Перемышльской епархии ещё около десяти лет, а во Львовской – около двадцати лет. При Киприане Жоховском было осуществлено реформирование ордена василиан. На капитуле ордена 1674 г. униатский митрополит добровольно отказался от своего главенства в ордене, уступив его протоархимандриту, избираемому из среды монахов-василиан.