В 1548–1562 гг. Жан Гужон совместно с Пьером Леско принимает участие в строительстве нового здания Лувра. Его авторству принадлежат многие из интерьеров дворца и скульптурное оформление дворцового фасада. Кариатиды, поддерживающие трибуну, расположенную в «Шведском зале», имеют примечательную особенность – в противоположность характерным для итальянского маньеризма удлинённым формам, кариатиды Жана Гужона обладают классическими, близкими к естественным пропорциями. Есть мнение, что прообразом трибуны послужил Портик кариатид знаменитого храма Эрехтейон в Афинах. Роскошная «Лестница Генриха II», работы над которой были закончены в 1556 г., обязана строгим единством своей богатейшей архитектурно-скульптурной композиции именно Жану Гужону, хотя в трудах по её созданию принимали участие и многие другие мастера. Несмотря на многочисленные последовавшие переделки Лувра, своим неповторимым обликом он обязан, прежде всего, таланту союза двух мастеров – Пьера Леско и Жана Гужона. В том же составе мастера работают и над праздничным оформлением Парижа по случаю торжественного въезда короля Генриха II в 1549 г. Именно в это время ими было создано одно из наиболее известных произведений французского искусства эпохи Ренессанса – «Фонтан невинных». Для фонтана ими было выполнено 15 рельефов: вертикальные (нимфы) и горизонтальные – с наядами, тритонами и амурами. Примечателен предложенный Жаном Гужоном новый вид барельефов – полностью размещённые в раме фигуры, расположенные на плоской каменной плите, успешно создают иллюзию перспективы. Над оформлением церкви Сен-Жермен-л'Осеруа (L'église Saint-Germain-l'Auxerrois), находящейся на Луврской площади Парижа, Жан Гужон работал в 1544–1545 гг. Выполнил пять рельефов – «Снятие с креста» и четыре изображения евангелистов, а также шесть голов херувимов. В рельефах ясно прослеживается античный стиль – мягко вылепленная мускулатура и совершенное строение тел, драпированных параллельными складками одежд, подчёркивает их физическую силу и красоту. К менее известным работам Жана Гужона исследователи относят скульптурное убранство отеля Линьери (1545 г.) и капеллы в замке Экуан (в настоящее время в замке располагается Национальный музей Ренессанса). Его же авторству (около 1540 – 1550 гг.) принадлежат фигуры, располагавшиеся на здании Парижской ратуши – «Аллегории Двенадцати месяцев», утраченные при пожаре в 1871 г. В качестве графика Жан Гужон известен гравюрами, иллюстрирующими трактат известного теоретика архитектуры Витрувия. В творчестве Жана Гужона традиции античной классики и итальянского Ренессанса органично сочетаются с богатым наследием французской культуры. Современник художника, знаменитый французский поэт Пьер де Ронсар, воспел Жана Гужона как величайшего скульптора эпохи.