Отдельно исследователи рассматривают участие в ереси Зосимы. Он стал членом московского кружка жидовствующих, будучи настоятелем близкого к великому князю Симонова монастыря; как полагают исследователи, именно придворный характер кружка стал причиной вхождения в него архимандрита Зосимы. О привязанности к мирским благам как к главной предпосылке присоединения в Москве к ереси многих людей (вероятно, в том числе Зосимы) писал Иосиф: «Снаходи бо прескверный сатана и обрете многых имущих землю сердечную възорану и умягчену сластьми житейскыми, тщеславием, и сребролюбием, и сластолюбием, и неправдою, и посея в них скверныа своя плевелы». Преподобный прямо обвиняет Зосиму в невоздержанности, сластолюбии и даже содомском грехе. Дискредитирующие Зосиму известия содержатся и в Софийской второй летописи, следующим образом объясняющей причины оставления им митрополичьего престола в 1494 г.: «Митрополит Зосима оставил митрополию не своею волею, но непомерно питья дръжашеся и о Церкви Божией не радяше». По свидетельству Иосифа, еретик протопоп Алексей незадолго до своей кончины предложил великому князю Зосиму в качестве кандидата на остававшийся больше года вакантным митрополичий престол. Взойдя 26 сентября 1490 г. на кафедру, Зосима укреплял влияние жидовствующих в Москве, преследовал тех, кто пытались остановить распространение лжеучений, клеветал на противников ереси великому князю, поддерживавшему митрополита. Иосиф адресует митрополиту Зосиме тяжкие обвинения в ереси: в хулах на Иисуса Христа и на Богоматерь, в осквернении христианских святынь, в порицании Священного Писания, приводит слова митрополита, которые должны свидетельствовать о его неверии в Царствие Небесное и загробную жизнь. У исследователей нет оснований сомневаться в участии Зосимы в кружке жидовствующих и в том, что при вступлении его на митрополичью кафедру обличители ереси подверглись преследованиям. Новый митрополит обратился к Новгородскому архиепископу Геннадию с требованием прислать исповедание веры, что было оскорбительным для последнего; кроме того, Новгородский архиерей был вынужден оправдываться против обвинений в поддержании незаконных связей с Литвой, а также в том, что в его епархии служат литовские ставленники (обвинение носило не только церковный, но и политический характер, поскольку в это время Россия находилась в состоянии войны с Великим княжеством Литовским). Иосиф свидетельствует о том, что на противников ереси митрополит Зосима «несмирную брань... въздвизаеть, и овех убо от Божественнаго причащениа отлучаеть, елици же священици или диакони сих от священьства отлучаеть». При этом исследователи не могут считать, что митрополит Зосима разделял вероучение жидовствующих, по крайней мере, в том виде, как оно изложено Иосифом, по-видимому, приписавшим Зосиме взгляды новгородских еретиков. Сочинения митрополита Зосимы (написанное на основании соборного приговора против еретиков «Поучение всему православному христианству», «Изложение на пасхалию», составленный, как полагают исследователи, митрополитом индекс отречённых книг) не дают им оснований говорить о приверженности иерарха ереси жидовствующих.