Ф.Д. Жордания занимался сбором, изучением и публикацией грузинских исторических источников, был одним из основателей грузинского источниковедения. В 1902–1903 гг., использовав каталоги Дмитрия Захарьевича Бакрадзе, Ф.Д. Жордания осуществил первое издание грузинских рукописей – двухтомное описание фонда Тифлисского церковного музея (третий том издал Моисей Георгиевич Джанашвили в 1908 г.). Ф.Д. Жордания много путешествовал по Грузии, собирал рукописи, переписывал лапидарные, чеканные и фресковые надписи, искал и описывал заброшенные церкви, занимался поиском древностей в грузинских семьях, работал в фондах Общества по распространению грамотности и Церковного музея. На основе «Археологического путешествия» по Картли, Гурии, Имерети, Мегрелии и Кахети, содержащегося в семи блокнотах, Ф.Д. Жордания написал сочинение «Хроники и другой материал для истории и литературы Грузии» (1893 г. том 1; 1897 г. том 2; 1967 г. том 3), до настоящего времени имеющее источниковедческое значение для истории средневековой Грузии и ГПЦ. В первом томе помещены источники до 1213 г., во втором – относящиеся к 1214–1699 гг., в третьем – к началу XVIII в. – 1880 гг. Комментарии Ф.Д. Жордании содержат хронологию правления грузинских царей и католикосов, исторических событий и христианизации Картли и др. Он первым изучил структурный состав свода древнегрузинских летописей «Картлис Цховреба» и разделил его на девять исторических сочинений. Текстологическое исследование памятников позволило ему определить, что «Жизнеописание Багратионов» послужило источником для «Матиане Картлисай» («Обращение Картли»); для сочинений летописца монгольского периода Ф.Д. Жордания ввёл в научный оборот название «Вековая летопись» и выдвинул предположение, что Леонтий Мровели был не автором летописи, а редактором, и др. На основе сочинений историков царицы Тамары и царя Давида IV Строителя Ф.Д. Жордания восполнил многие хронологические лакуны истории Грузии: например, установил год смерти царя Георгия II (1112 г.), год женитьбы Давида Сослана и царицы Тамары (1189 г.), дату Шамхорской битвы (1195 г.) и т.д. В «Духовном вестнике Грузинского Экзархата» Ф.Д. Жордания опубликовал монографию о католикосе-патриархе всей Грузии Антонии I (Багратиони; 1744–1755, 1764–1788 гг.) с подробным описанием жизненного пути первоиерарха (1891–1892 гг.); исследование о состоянии разрушавшегося в XIX в. храма Атени Сиони и очерк о найденных ораре и омофоре XIV в. (1891 г.); анализ греческой летописи VIII в., сохранившейся в грузинских рукописях XI, XV и XVI вв. (1902 г.), и пять грузинских исторических хроник (1903 г.); «Хронику Абхазских царей» (1902 г.) и др. Деятельности грузинского поэта Давида Гурамишвили (1705–1792 гг.) посвящены статьи в газете «Иверия» за 1880 г.; истории миссионерства католической церкви в Грузии – статья в журнале «Кавказ» (1885 г.); серия очерков об арабской экспансии в Грузию в VIII в. помещена в нескольких номерах газеты «Сакартвело» («Грузия») за 1915 г. В 1893 г. в Ставрополе была опубликована работа, посвящённая хронологическому и историческому исследованию деятельности Абхазских (Западногрузинских) католикосов. В 1895 г. в Москве и Тифлисе вышли два обзора источников по истории Грузии XI–XII вв. и «Завещание св. царя Давида IV Строителя, данное монастырю Шиомгвиме в 1123–1124 гг.»; в 1905 г. в Кутаиси – «Краткие исторические сведения об автокефалии Грузинской Церкви».