Непримиримость А.А. Жданова в научных дискуссиях отрицательно повлияла на отношения с коллегами и осложнила его положение в корпорации Московской духовной академии. В феврале 1893 г. ректор Московской духовной академии архимандрит Антоний (Храповицкий) конфиденциально просил министра народного просвещения Ивана Давыдовича Делянова подыскать А.А. Жданову место инспектора народных училищ. В сентябре того же года А.А. Жданов перешёл на службу в ведомство Министерства народного просвещения инспектором народных училищ Мариупольского уезда Екатеринославской губернии, в 1899–1901 гг. был директором Преславской учительской семинарии в Таврической губернии, в 1901–1909 гг. – инспектором народных училищ Тверской губернии. Уже в первых лекциях («О Послании Иеремии» и «О толкованиях преподобного Ефрема Сирина на Священное Писание Ветхого Завета»), прочитанных А.А. Ждановым для получения лекторского статуса, определились основные черты его богословского метода: историко-филологический анализ, особый акцент на исагогических вопросах, нежелание следовать распространённым в это время мнениям, не подтверждённым научными данными; при этом он активно пользовался экзегетическими сочинениями св. отцов. Рассматривая вопросы авторства, времени и места создания Послания Иеремии, А.А. Жданов отрицал принадлежность этой библейской книги пророку Иеремии, имя которого, по его мнению, поставлено в надписании книги для большей авторитетности, а также временные исторические рамки, в которые автор книги поместил своё произведение. А.А. Жданов считал, что Послание Иеремии было написано не в Египте, как обычно предполагали, а в Малой Азии, в частности, во Фригии или в сопредельных с ней малоазийских странах, где в рассеянии проживало большое количество израильтян. Он настаивал на том, что в состав греческой Библии Послание Иеремии вошло за 200–100 лет до н.э., во всяком случае, после окончания перевода Септуагинты (LXX). По его мнению, в Послании Иеремии нашло отражение не вавилонское пленение, а другое подобное событие. Он полемизировал с католическими библеистами, которые старались отыскать доказательства подлинности и канонического достоинства Послания Иеремии в надписании книги, в упоминании о ней во второй Книге Маккавейской и в свидетельстве греческой Библии. Во второй лекции, посвящённой экзегетике Ефрема Сирина, А.А. Жданов стремился показать, что творения Ефрема по Священному Писанию Ветхого Завета заслуживают внимания не только как назидательно-благочестивое чтение, но и как труды, содержащие материалы по истории толкования Ветхого Завета в христианской церкви. Особое внимание он уделял филологическим замечаниям Ефрема, представляющим интерес с точки зрения истории и критики библейского текста, отмечал истинно церковный принцип синтеза разных богословских направлений и экзегетических школ в творениях Ефрема, который основывался на экзегетических приемах антиохийской, буквально-исторической традиции толкования Ветхого Завета, осуждал излишества аллегорического толкования, но не отрицал присутствия духовного, или таинственного, смысла Священного Писания, что сближало его экзегезу с александрийской традицией.