В 839 г. аббатство принадлежало императору Людовику Благочестивому и имело статус королевского; более чем 30-летнее управление монастырём Эрментрудой усилило зависимость монастыря от Каролингской династии. Мужской монастырь Жуар был преобразован в общину клириков (секулярных каноников), крипта св. Эбрегизила, которая при этом была перестроена (работы завершились уже после смерти Эрментруды), стала коллегиальной церковью. В обязанности клириков входило окормление монахинь и окрестных жителей. С этой целью была восстановлена древняя церковь Богоматери и апостола Петра, которая использовалась как монастырская и как приходская. В распоряжении женской обители осталась крипта св. Павла, где при проведении восстановительных работ были обнаружены саркофаги с останками Адона, Теодехильды и др. В XI в. деревянные элементы крипт были окончательно заменены каменными. В начале XII в. Жуар превратился в самостоятельную церковную сеньорию, постоянно конфликтовавшую с епископом города Мо, который отстаивал свои права на монастырь, в то время как аббатисы, пользуясь королевским статусом аббатства, отвергали эти притязания. В этом конфликте монашествующие и прихожане Жуара чаще всего выступали в защиту интересов аббатисы, что нередко заканчивалось отлучениями и интердиктами со стороны епископа. Жуар сильно пострадал во время Столетней войны. В 1427 г. церковь Богоматери была сожжена англо-бургундскими войсками. После окончания войны началось строительство новой церкви (вторая половина XV в. – 1530 г.). Сохранившаяся часть древней церкви, переделанная в капеллу св. Мартина, просуществовала до 1632 г. и была снесена по причине ветхости (во время работ частично пострадала крипта св. Эбрегизила). В 1523 г. аббатиса Магдалена Орлеанская провела в Жуаре реформу в духе конгрегации Фонтевро. Во время Реформации в 1572 г. аббатиса Шарлотта Бурбон перешла в протестантскую веру и бежала в Германию. Возрождение аббатства наметилось в XVII в., в период управления монастырём Жанной Лотарингской (1624–1638 гг.) и Генриеттой Лотарингской (1655–1692 гг.), которая получила известность благодаря длительному судебному процессу против одного из деятелей галликанизма, Жака Бениня Боссюэ, епископа города Мо. В 1792 г. 50 монахинь, находившихся в Жуаре, по распоряжению революционного правительства были вынуждены покинуть монастырь. С 1821 г. предпринимались попытки восстановить аббатство. В 1837 г. силами монахинь, прибывших из аббатства Прадин (департамент Луара), Жуар был восстановлен. 6 октября 1837 г. была назначена первая после реставрации монастыря аббатиса Тереза де Баво. Новая монастырская церковь была освящена 13 октября 1863 г., в праздник перенесения мощей святых Теодехильды и Агильберты. В 1903 г., после принятия французским правительством третьей Республики антиклерикальных законов, монахини Жуара эмигрировали в Бельгию, где обосновались в Лозанже в епископстве Намюр. В июне 1910 г. монастырская община перебралась в Ти-ле-Шато, а в 1912 г. – в Нидерланды, где в Херларе монахинь приняли местные цистерианцы.