Возрождённые издания не соответствовали своим дореволюционным предшественникам ни по периодичности (почти все они до сих пор выходят нерегулярно), ни по объёму и научному уровню публикуемых материалов. Возникшие после 1990 г. новые богословские учебные заведения и кафедры теологии университетов стали издавать свои журналы богословско-академического направления: «Труды Высшей религиозно-философской школы» (СПб., 1992 г. -.), «Духовный мир» (сборник работ учащихся Московских духовных школ; Сергиев Посад, 1994–1997 гг.), «Учёные записки Российского Православного университета имени Иоанна Богослова (М., 1995–2000 гг.), «Страницы» Библейско-Богословский институт имени апостола Андрея (М., 1996 г. -.), «Богословский сборник» Православного Свято-Тихоновского Богословского института (М., 1997–2005 гг.; далее «Вестник ПСТГУ»; с 2004 г. формируется по тематическим сериям: «Богословие, философия», «История, История Русской Православной Церкви», «Филология», «Педагогика, психология», «Музыкальное искусство христианского мира»), «Вестник Русского христианского гуманитарного института» (СПб., 1997 г.-.), «Труды Минской духовной академии» (2002 г. -.), «Труды Нижегородской духовной семинарии» (2003 г.-.), «Богословско-исторический сборник» при Калужской духовной семинарии (2003 г. -.), «Учёные записки Тульской духовной семинарии» (2005 г. -.) и др. Появились журналы православных средних учебных заведений, например, «Источниковедение в школе» при православной гимназии во имя Сергия Радонежского в Новосибирске (1997 г. -.), «Вестник Тульской православной классической гимназии» (1998 г. -.). Богословские и церковно-исторические журналы издавались также Синодальными отделами Московской патриархии и их подразделениями: «Известия Библейских комиссий» (Л., 1990–1991 гг.), «Церковь и время» при ОВЦС МП (М., 1991–1992 гг., 1998 г. -.), «Вестник Патриаршей Синодальной библейской комиссии» (М., 2000 г.), «Вестник церковной истории» при ЦНЦ “Православная энциклопедия”» (М., 2006 г. -.); епархиями: «София» Новгородской епархии (1997 г. -.), «Богословский сборник Ивановской епархии» (1998 г. -.), «Богословский сборник» Новосибирской епархии (2005 г. -.) и др.; монастырями: «Троицкое слово» при Троице-Сергиевой лавре (Сергиев Посад, 1990–1995 гг.), «Даниловский благовестник» при московском Даниловом монастыре во имя преподобного Даниила Столпника (М., 1991 г. -.); братствами: «Православная община» (М., 1991–2000 гг.), «Вышенский паломник» (Рязань, 1996–2001 гг., 2004 г. -.); научными учреждениями РАН: «Православный палестинский сборник» при ППО (М., 1992 г.-.), «Православие и русская народная культура» (М., 1993 г.-.) и «Традиции и современность» (М., 2002 г.-.) при Институте этнологии и антропологии РАН, «Христианский Восток: Новая серия» (СПб.; М., 1999 г.-.); общественными организациями: «Христианос» при фонде имени протоиерея Александра Меня (Рига, 1991 г.-.), «Церковно-исторический вестник» при Обществе любителей церковной истории (М., 1998 г.-.), «Глинские чтения» при обществе «Наследники Александра Невского» (М., 2004 г.-.).