В XVIII в. в Железноборовском монастыре размещались отставные военнослужащие (инвалиды): в 1763 г. на 14 человек братии приходилось 14 инвалидов (поручик, два прапорщика, три капрала и восемь солдат). В 1763 г. обители принадлежало 1329 крестьян. В 1764 г. Железноборовский монастырь был обращён в заштатную необщежительную обитель, приписные монастыри стали приходами. Лишившись доходов от вотчин, монастырь обеднел, но с начала XIX в. постепенно стал возрождаться. В 1868 г. обители принадлежало 446 десятин земли, а в начале XX в. – уже 706 десятин пашни, леса и сенокосов и две мельницы. В 1763 г., при игумене Иерофее, в обители проживало 14 человек братии, в 1803 г. – только восемь (строитель, священник, три монаха, два послушника, вдовый диакон), в 1868 г. – 20 (три иеромонаха, два иеродиакона, два белых священника, белый диакон, два монаха и десять послушников), в 1913 г. – около 30 (игумен, пять иеромонахов, два иеродиакона, два монаха и около двадцати послушников). Ежегодно 24 июня (в престольный праздник Рождества Иоанна Предтечи) у стен монастыря проходила ярмарка. 3–5 мая 1913 г. в Железноборовском монастыре состоялось празднование 300-летия обретения мощей Иакова, которое возглавил викарий Костромской епархии епископ Кинешемский Арсений (Тимофеев). В празднике приняло участие около 15 тыс. человек. Во время Первой мировой войны при монастыре был устроен приют для выздоравливающих раненых воинов на 12 человек. К 1620 гг. в Железноборовском монастыре были шатровый деревянный храм в честь Рождества Иоанна Предтечи, игуменская и 15 братских келий, в которых проживало 32 насельника. После пожара 1647 г. были возведены новые деревянные храмы Иоанна Предтечи (1650 г.), Рождества Пресвятой Богородицы с приделом Иоакова Железноборовского и со звонницей (1667 г.), надвратная церковь во имя святителей Василия Великого, Григория Богослова, Иоанна Златоуста (конец XVII в.), тёплая деревянная церковь во имя Николая Чудотворца (1716 г.), кельи, ограда. В 1728–1731 гг. была построена новая деревянная пятиглавая соборная церковь в честь Рождества Богородицы с приделом преподобного Иакова, а прежняя, одноимённая, перенесена в приписную Брылееву пустынь и переосвящена в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы. В описи 1738 г. упоминаются также деревянные настоятельская келья с четырьмя комнатами, казначейская келья, три братские кельи, поварня, хлебная, пять амбаров (Государственный архив Костромской области). К 1745 г. были построены восьмиугольная шатровая колокольня с шестью колоколами и боевыми часами, ограда с пятью башнями. В 1753–1757 гг., при игумене Досифее, в Железноборовском монастыре вместо деревянного был возведён каменный пятиглавый храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы с приделами во имя Иакова Железноборовского (северным) и во имя Николая Чудотворца (в трапезной).