Дома у И.Б. Жданова неоднократно бывали Орловские архиереи. Наиболее близкие отношения связывали его с епископом Досифеем (Ильиным). И.Б. Жданов был духовным наставником многих монашествующих Ельца, Задонска и Воронежа, в том числе затворников Георгия Машурина, Мелании Елецкой и др. Погребён, согласно завещанию, в елецком во имя Святой Троицы мужском монастыре, близ строившегося Троицкого собора. После кончины И.Б. Жданова настоятелем Преображенской церкви стал его второй сын священник И.И. Жданов. День преставления подвижника особо почитался местными жителями. В 1867 г. по завещанию И.Б. Жданова его дом, находившийся в ограде Преображенской церкви, был перенесён в елецкий Троицкий монастырь. В 1874 г. настоятелем Троицкого монастыря архимандритом Флорентием (в схиме Антонием) над захоронением И.Б. Жданова была построена каменная церковь-усыпальница во имя святых Космы и Дамиана (освящена 12 сентября 1875 г.). В центре храма располагалась могила с деревянным надгробием, на котором находилась медная посеребренная доска с рельефным изображением подвижника во весь рост в полном священническом облачении. Еженедельно по субботам здесь служили соборные панихиды настоятели обители. У надгробия были засвидетельствованы исцеления болящих. В 1913 г. храм-усыпальница был отреставрирован. В 1912 г. Елецким отделением Орловского церковного историко-археологического общества при Троицком монастыре был организован «Кружок добротворцев и ревнительниц милосердия в память о. Иоанна Елецкого Жданова» под председательством епископа Митрофана (Землянского). Члены кружка следили за состоянием могилы о. Иоанна, организовывали встречи, на которых читали душеполезную литературу, помогали нуждающимся. При домике И.Б. Жданов организовали Елецкое отделение Орловского общества, в котором разместился церковный музей-древлехранилище. В 1913 г. был опубликован отчёт о деятельности Елецкого отделения, в котором содержались сведения о сотрудниках и перечень экспонатов музея-древлехранилища («Орловские епархиальные ведомости»). В 1917 г. ельчане при поддержке викариев Орловской епархии епископов Елецких Павла (Вильковского) и Амвросия (Смирнова) ставили вопрос о канонизации И.Б. Жданова. Захоронение, домик И.Б. Жданов и связанные с его именем святыни не сохранились. В 2003 г. по благословению Липецкого и Елецкого епископа Никона (Васина) епархиальная комиссия по канонизации святых возобновила работу по подготовке к прославлению И.Б. Жданова как местночтимого святого.