Монофизиты избрали своим патриархом Иоанна Талайю, приближённого Тимофея. Тогда константинопольское правительство, стремясь к предотвращению дальнейшего раскола, согласилось на существенные уступки и осенью 482 г. издало от имени Зинона и Константинопольского патриарха Акакия «Энотикон» – специальное послание к Александрийской церкви, которое содержало вариант компромиссного соглашения православной и монофизитской партий: Зинон и патриарх Акакий призывали отказаться от догматических споров по вопросу о соединении Божественной и человеческой природ во Христе. Действие «Энотикона» вскоре распространилось на всю империю. «Энотикон» был сразу поддержан многими предстоятелями, в том числе Антиохийским патриархом Календионом и Иерусалимским патриархом Мартирием. В конце 482 г. Иоанн Талайя был низложен из-за его связей с Иллом, и на престол Александрии вернулся Пётр Монг. В 484 г. был низложен Календион Антиохийский – соучастник мятежа Илла и Леонтия, и патриархом вновь стал Пётр Гнафевс. Таким образом, Зинон и Константинопольский патриарх Акакий последовательно примирялись с наиболее популярными лидерами Восточных церквей, которые были представителями радикального крыла монофизитства. Соглашение Зинона с монофизитами вызвало резкое осуждение со стороны Римского папского престола. В 484 г. папа Феликс на Соборе в Риме предал анафеме патриарха Акакия. Послание папы было доставлено в Константинополь тайно и передано патриарху Акакию монахами-акимитами в храме во время литургии. Раскол Римской и Восточных церквей продолжался до отмены «Энотикона» в 519 г. (см. Акакианская схизма). В октябре 489 г. умер Пётр Монг; его преемником стал Афанасий Килит. В том же году умер Константинопольский патриарх Акакий; на столичный престол был избран Фравита, а после его скорой кончины в феврале 490 г. патриархом стал Евфимий. В 490 г. со смертью Петра Гнафевса патриархом Антиохии стал Палладий из Селевкии. Смены предстоятелей церквей не повлияли на принципы «Энотикона», который больше чем на 30 лет стал основой церковной политики в Византийской империи. Первоначально его издание способствовало некоторой стабилизации религиозной ситуации на Востоке. Была устранена прямая угроза расколов общин, которая возникла сразу после 451 г. Но при этом фактическая власть в Александрийском и Антиохийском патриархатах надолго оказалась в руках монофизитов. Издание «Энотикона» означало также фундаментальное изменение в способах проведения государственной политики в церковной сфере. Если раньше (в IV – середине V вв.) для обсуждения и решения подобных вероучительных вопросов светская власть прибегала к созыву Соборов, то теперь было решено лишь добиться формального соглашения между важнейшими главами церковной иерархии. Метод управления церковью, использованный Зиноном, впоследствии влиял на построение взаимоотношений церкви и государства в Византии (позднее и в других государствах). Около 478 г. Зинон своим эдиктом окончательно утвердил автокефалию Кипрской церкви, признав её независимость от Антиохийского патриархата. Тогда же в Константинополь с Кипра были перенесены мощи апостола Варнавы и переписанная им рукопись Евангелия от Матфея (в дворцовый храм архидиакона св. Стефана). После смерти Льва II Зинон и Ариадна не имели детей, и Зинону не удалось стать основателем новой династии. Когда умер Зинон, Ариадна избрала новым императором декуриона силенциариев византийского двора Анастасия (правил до 518 г.) и вышла за него замуж, чем способствовала легитимации его правления; умерла в Константинополе около 515 г.