В западной части свода написана Святая Троица (так называемая новозаветная) в окружении архангелов, на южной стене находятся изображения святых, на западной – сцены из Жития Николая Чудотворца (не сохранились), на северной – изображения «Поклонение волхвов» и «Преображение Господне» (также не сохранились). К северо-западу от соборного, с небольшим разворотом на северо-восток, был построен (1657 г.) каменный храм в честь Казанской иконы Божьей Матери. Он поставлен на высокий подклет, помещения которого перекрыты коробовыми сводами; они использовались для братских трапез и приёма странников. Верхний этаж, идентичный по планировке нижнему, состоит из обширной трапезной, храма и алтаря. Двусветный четверик с декоративной главкой был вытянут в ширину и перекрыт лотковым сводом. Алтарь двухчастный, с небольшим приделом в левой части. С юга к четверику храма примыкала паперть с крыльцом. Снаружи храм оформлен тремя уплощёнными апсидами, разделёнными сильно выступающими лопатками. Апсиды напоминают те же архитектурные детали надвратной Благовещенской церкви суздальского в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастыря (между 1597 и 1605 гг.?, 1630 гг.?). Декор, как и в Успенской церкви, сочетает типичные формы XVII в. (пояс поребрика, балясин и ширинок) с мотивами, напоминающими архитектуру Покровского монастыря (аркатурно-колончатый пояс). В конце XIX в. в храме были приделы во имя Митрофана Воронежского (южный) и Николая Чудотворца (северный). Н.Н. Чугреева склонна относить Казанскую церковь к 1670–1680 гг., «так как она близко связана с ростовским и суздальским кругом памятников конца ХVII столетия». В 1656/1657 г. была построена и 2 июня 1657 г. архиепископом Суздальским Филаретом освящена небольшая надвратная церковь во имя Всех святых (не сохранилась), над которой на четвериковом основании возвышалась колокольня с шатром. Каменная ограда (1810–1820 гг.) утрачена. Из построек сохранился настоятельский корпус (1806 г.) с нижним каменным и верхним деревянным этажами. Примыкающее к главному фасаду деревянное крыльцо завершено треугольным фронтоном на кронштейнах. В интерьере корпуса сохранились печи с частичной кафельной облицовкой первой половины XIX в. Разрушены каменные здания народного училища (вторая половина XIX в.), гостиницы для богомольцев и братских келий. Пустыни принадлежали деревянная часовня (за рекой Золотоструйкой, у перекрёстка дорог из Суздаля и Гавриловского посада в Шую) и деревянный постоялый двор. Преемник основателя пустыни игумен Иаков жаловался царю Михаилу Фёдоровичу на «скудость» обители. В 1632 г. царь передал Золотниковской пустыни в пользование местность, где она построена, и пустоши Березники и Смердичево. В ответ на обращение игумена Никона указом царя от 2 мая 1638 г. пустоши были утверждены за обителью особыми царскими грамотами. Кроме того, 30 насельникам пустыни было дано жалованье по 1 руб. Монастырю покровительствовали царевич Иван Михайлович (в 1638 г. прислал колокол весом 4 пуда) и его мать царица Евдокия Лукиановна (среди её вкладов – шитая шёлком с золотой и серебряной канителью хоругвь с изображением Успения Пресвятой Богородицы и Воздвижения Креста Господня).