В мозаике апсиды базилики св. Евфразиана в Порече, Хорватия (543–553 гг.), в левом простенке между алтарными окнами представлено наиболее раннее единоличное изображение Захарии-первосвященника. В декорации храмов изображение Захарии всегда встречается в купольной росписи среди изображений пророков, например, в Палатинской капелле (около 1143–1146 гг.) и в церкви Санта-Мария дель Аммиральо (Марторана; 1143–1148 гг.) в Палермо, Сицилия; в церкви Спаса на Нередице в Великом Новгороде (1199 г.) и в алтарной зоне (например, в каппадокийских храмах в ряду десять святых рядом с Иоанном Предтечей (между 945 и 1025 гг.) в Тавшанлы-килисе (св. Евстафия) и в северной апсиде Баллы-килисе; в северной апсиде Дирекли-килисе (976–1025 гг.); предположительно в церкви Святого Креста и св. Георгия в Ачиксарае (1060/1061 или 1100 гг.). В русской традиции Захария изображается преимущественно на восточных столпах или склонах алтарных арок: в Спасо-Преображенском соборе Мирожского (1140 гг.) и в соборе Рождества Богородицы Снетогорского (1313 г.) монастырей в Пскове, в новгородских церквах Успения Пресвятой Богородицы на Волотовом поле, Рождества Христова на Красном поле (1390 гг.), архангела Михаила Сковородского монастыря (начало XV в.?, не сохранилось), Сергия Радонежского в Новгородском кремле (между 1453 и 1463 гг.). В каппадокийской церкви Пресвятой Богородицы, Иоанна Предтечи и св. Георгия (Гёреме 9; начало или первая половина X в.) в алтарной нише деисусной композиции по сторонам Иисуса Христа изображены Иоанн Предтеча и Захария (что исследователи объясняют посвящением престола в южной апсиде Иоанну Предтече). На миниатюре из Христианской топографии Космы Индикоплова (последняя четверть IX в.) Захария представлен в уникальной композиции «Богоматерь, Иисус Христос, Иоанн Предтеча, Захария, Елисавета, Анна и Симеон». Изображение пророка Захарии включалось в пророческий ряд иконостасов (икона «Пророки Елисей, Захария, Иоиль» из Успенского собора Кириллова Белозерского монастыря, около 1497 г., Русский музей). Как пророк со свитком в руке Захария изображён на двухсторонней иконе-таблетке «Избранные святые – Симеон Столпник, пророк Захария, Иоанн Новгородский. Благовещение» (конец XV – начало XVI вв., Государственный Эрмитаж). Единоличные изображения Захарии входят в состав минейных циклов на сентябрь: в настенных минологиях – в церкви великомученика Димитрия Маркова монастыря близ Скопье, Македония, около 1376; в церкви святителя Николая в Пелинове, Черногория (1717–1718 гг.), на миниатюрах: в минологии Служебного Евангелия (Константинополь, третья четверть XI в.), в греко-грузинской рукописи XV в. (Российская национальная библиотека), в иконописи (на иконе «Минея годовая» (начало XIX в.). Основу изображения житийного цикла Захарии составили тексты канонических Евангелий, главным образом, Евангелия от Луки, дополненные сюжетами из «Протоевангелия Иакова» (вторая половина II в.): «Введение Богородицы во храм» (Протоевангелие), «Обручение (вручение) Марии Иосифу» и «Моление о жезлах» («Чудо о процветшем жезле»; Мф. 1:18; Лк. 1:27; Протоевангелие), «Благовестие Захарии» (Лк. 1:8–20), «Немой Захария перед народом» (Лк. 1:21–22), «Встреча (целование) Захарии и Елисаветы» (Зачатие Иоанна Предтечи; Лк. 1:23–24), «Рождество Иоанна Предтечи» и «Захария называет имя Иоанна» (Лк. 1:57, 62–63), «Убиение Захарии на пороге храма» (Мф. 23:35).