В Патмосском списке Типикона Великой церкви (IX–X вв.) под 23 октября есть сообщение, что память Захарии, апостола Иакова Праведного и Симеона Богоприимца отмечалась в Константинополе в церкви, посвящённой Пресвятой Богородице, рядом со Святой Софией. Согласно латинскому описанию Константинополя XII в. («Аноним Меркати»), в этой церкви находились мощи Захарии, Иакова и Симеона. Исследователям известно, что мощи Захарии были перенесены в Константинополь в 415 г. В ряде византийских календарей память Захарии указывалась 15 или 16 мая, а обретение мощей – 11 февраля. В Синаксаре Константинопольской церкви конца X в. есть упоминание о двух храмах во имя некоего св. Захарии, в Атроа и в монастыре Парадисий. Ипполит Делеэ и Раймон Жанен полагают, что церковь в Парадисии была освящена во имя Захарии. Храм в Атроа Р. Жанен не упоминает. Приводится ещё один день памяти Захарии, которого нет в другой рукописи, – 30 декабря, как полагают исследователи, указанный в одной из византийских рукописей. По свидетельству паломника Иоанна Фоки (1185 г.), гробницы с мощами Захарии и Елисаветы находились в церкви Иоанна Предтечи, устроенной на месте его темницы в городе Севастии. В настоящее время мощи (или часть мощей) Захарии пребывают в афонском монастыре Кастамонит. В Римско-католической церкви память Захарии совершается 6 ноября (в некоторых Мартирологах указываются даты 6 сентября и 5 ноября), особенно торжественно в Латеранской базилике в Риме, где, согласно западной традиции, хранятся мощи Захарии. Захария вспоминается в православном богослужении в праздники, посвящённые Иоанну Крестителю: Зачатие (23 сентября) и Рождеству (24 июня) как его отец. В грузинских памятниках, отражающих традиции древнего иерусалимского богослужения, память Захарии вместе с Елисаветой отмечается 26 июня, в рамках многодневного празднования Рождества Иоанна Предтечи. В Типиконе Великой церкви IX–XI вв. память Захарии установлена 5 сентября наряду с памятью других святых, в некоторых списках помещается последование Захарии, включающее тропарь «Честное пророка твоего празднование», прокимен из Пс. 63, Апостол Евр. 9:11–14, аллилуиарий со стихом из Пс. 98, Евангелие Мф. 23:29–39, причастен Пс. 111:6b. В Студийской-Алексиевском Типиконе 1034 г., содержащем самую раннюю сохранившуюся редакцию студийского Синаксаря, на память Захарии 5 сентября приводится праздничное последование, включающее шесть стихир Захарии на «Господи, воззвах», пение «Бог Господь» на утрене и тропарь восьмого гласа после девятой песни светилен (студийский светилен малых праздников). На литургии на блаженнах поются третья и шестая песни канона Захари, прокимен из Пс. 109, Апостол Евр. 4:14 – 5:6; аллилуиарий, Евангелие и причастен те же, что и в Типиконе Великой церкви. В Евергетидском Типиконе второй половины XI в. 5 сентября соединяются последования Захарии и епископа Гортинского Кирилла, совершается служба с пением «Бог Господь» и тропаря Захарии четвёртого гласа (прочие указания те же, что и в Студийско-Алексиевском Типиконе). На литургии прокимен, Евангелие и причастен те же, что и в Типиконе Великой церкви, Апостол Евр. 5:4–10, аллилуиарий со стихом из Пс. 96. В Мессинском Типиконе 1131 г. 5 сентября указана только память Захарии, тропарь тот же, что и в Евергетидском Типиконе, на утрене поётся «Бог Господь». На «Господи, воззвах» три стихиры Захарии и три – Пресвятой Богородицы.