После этого Захария исцелился и, исполнившись Святого Духа, благословил Бога и изрёк пророчество, в котором возвестил о грядущем вскоре обещанном спасении Израиля и о роли в этом событии своего новорождённого сына (Лк. 1:67–79). История Захарии встречается также в повествовании апокрифического «Протоевангелия Иакова» (вторая половина II в.). Здесь Захария представлен в качестве первосвященника. По сюжету апокрифа он получает откровение о судьбе Богородицы, о том, что Марии суждено стать женой Иосифа. Также упоминается (но без указания причин и обстоятельств) о немоте Захарии. В конце апокрифа описана сцена убийства Захарии за нежелание выдать местонахождение своего сына. По приказу царя Ирода он «был убит… перед храмом». Заканчивается рассказ загадочными словами о том, что священники, войдя в храм, «тела его не нашли, только кровь, сделавшуюся как камень». Последняя деталь из жизнеописания Захарии, как полагают исследователи, является результатом отождествления его с другим Захарией, «убитым между жертвенником и храмом», о котором Иисус Христос упоминает в Лк. 11:51 (ср.: Мф. 23:35). Блаженный Феофилакт приводит толкование, имевшее широкое распространение в его время, которое также сохраняет это предание. Он говорит, что Захария «не исключил из ряда дев Богородицу после того, как Она родила Христа, и поставил Её на том же месте, где и они стояли, а это место было между храмом и внешним медным алтарём. За это и убили его. Так как некоторые ожидали во Христе будущего царя своего, а другие между тем не желали быть под властью царя, то поэтому убили этого святого и за то, что он утверждал, что родила Дева и что родился Христос, будущий Царь их, что было им противно, ибо они желали быть без царя». О том, что Захария был первосвященником, также упоминал (по мнению исследователей, под влиянием «Протоевангелия Иакова») и Иоанн Златоуст. По мнению большинства современных библеистов, в Лк. 11:51 содержится ссылка на 2 Пар. 24:20–22, где рассказывается о сыне священника Иодая Захарии, который, исполнившись Святого Духа, обличил вероотступничество царя Иоаса и был по его приказу побит камнями «на дворе дома Господня» (2 Пар. 24:21). Согласно Мф. 23:35, Господь говорит о Захарии, сыне Варахии, отождествляя этого мученика с одним из малых пророков послепленного периода (см.: Зах. 1:1). Такое отождествление допускали ещё Иоанн Златоуст и блаженный Феофилакт. Никифор Каллист (XIV в.) со ссылкой на Ипполита Римского, пишет в «Церковной истории» о том, что первая жена праведного Иосифа Обручника, Саломея, приходилась племянницей Захарии. В византийских источниках сохранилось анонимное апокрифическое Мученичество Захарии, основанное на тексте «Протоевангелия Иакова». Кроме того, Захарии посвящён ряд агиографических произведений: Слово Константинопольского патриарха Германа II (1223–1240 гг.), Похвальное слово Михаила Синкелла (IX в.), два Похвальных слова Космы Веститора (VIII–IX вв.), три анонимных Похвальных слова. В РПЦ и других православных церквах память Захарии отмечается 5 сентября. Древнейший Иерусалимский Святогробский Типикон, сохранившийся в армянской и грузинской версиях, кроме памяти Захарии 5 сентября отмечал 27 сентября явление ему архангела Гавриила, 1 декабря – обретение мощей Захарии, апостола Иакова Праведного и Симеона Богопримца и 18 мая – память этих трёх святых в церкви, построенной в Иерусалиме Павлом из Элевтерополя.