После разрушений Смутного времени в Зверином монастыре была возобновлена Симеоновская церковь (1654 г.), и был перестроен Покровский храм (1672/1682 гг.?), к которому с западной стороны пристроен тёплый придел Благовещения Пресвятой Богородицы. В 1721 г. оскудевший Зверин монастырь был приписан к Сыркову в честь Сретения Владимирской иконы Божьей Матери монастырю, куда перевели и монахинь, а игуменью – в тихвинский в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы монастырь. В 1727 г. была восстановлена самостоятельность Зверина монастыря, прежние насельницы вернулись из Сыркова. В 1737 г. в Зверином монастыре проживали четыре монахини во главе со строительницей Анной. В 1797 г. в Сырков монастырь из Зверина была переведена на настоятельство игуменья Евпраксия. При учреждении штатов 1764 г. Зверин монастырь был причислен ко второму классу. С начала XIX в. за счёт пожертвований на территории Зверина монастыря развернулись строительные работы. В 1804 г., при игуменье Елисавете (1800–1824 гг.), вместо старого Благовещенского придела сооружена новая трапезная, и в ней освящены два престола – Благовещения Пресвятой Богородицы и святителя Ионы Новгородского, устроенные епископом Евгением (Болховитиновым). При игуменье Людмиле (1824–1841 гг.) приделы были расширены, и «всё отделано в новом вкусе» (1827 г.). Между 1841 и 1860 гг., при игуменьи Агнии, сооружены каменные ограда с пятью башнями, надвратная колокольня с двумя корпусами келий (1846 г., архитектор Раймонд Казимирович Кржижановский), двухэтажным настоятельским и сестринским; одноэтажный трапезный корпус, над которым в 1860 гг. надстроен деревянный этаж. Архитектура корпусов выдержана в формах провинциального классицизма с элементами русского стиля (например, колокольня имела шатровое завершение). В 1849 г. обители был пожертвован двухэтажный каменный дом. Самым продолжительным в истории Зверина монастыря было настоятельство игуменьи Лидии (Байковой; 21 мая 1860 г. – 5 ноября 1894 г.), духовником обители до своей кончины был её отец, иеромонах Феофан. В 1872–1878 гг. в Зверином монастыре подвизалась инокиня Аркадия; в миру Мария, впоследствии леушинская игуменья Таисия (Солопова), исполнявшая послушание регента (монастырский хор – один из лучших в Новгородской епархии – поддерживал музыкант-любитель виолончелист С.М. Аренский, отец композитора Антона Степановича Аренского). В Зверином монастыре инокиня Аркадия составила акафист Симеону Богоприимцу. Это сочинение вошло в богослужебное употребление в 1878 г., опубликовано в 1886 г. и до 1907 г. выдержало четыре издания. К 1864 г. в Зверином монастыре проживали 192 насельницы (в том числе больше сорока монахинь), в 1865 г. рассматривался вопрос об увеличении числа монашеских вакансий. Сёстры Зверина монастыря направлялись для возглавления других женских обителей Новгородской епархии. Они стали первыми начальницами двух общин: Короцкой во имя Тихона Задонского (1865 г.; монахиня Серафима) и Рдейской в честь Успения Пресвятой Богородицы (1887 г.; монахиня Евсевия). В конце XIX – начале XX вв. по инициативе игуменьи Антонины (Горбуновой) и благословению (28 сентября 1898 г.) Новгородского архиепископа Феогноста (Лебедева) вместо первоначально предполагавшегося расширения Покровского храма на месте его приделов и паперти возводился новый собор. Г.Ф. Шустров, близкий родственник игуменьи Антонины, санкт-петербургский купец, домовладелец, пожертвовал 25 тыс. руб., другие благотворители – до 9 тыс. руб. Общая стоимость строительства составила более 60 тыс. руб.