В западных губерниях открылось большое количество католических начальных школ. В 1803 г. на съезде католического духовенства в Луцке учреждение приходских училищ было признано составляющим «первую надобность», духовенство обязалось устроить училища при каждом костёле и ассигновало на них значительные средства. В том же году в Ярославле было открыто Демидовское училище высших наук. В 1805 г. при помощи П.В. Завадовского было получено разрешение Александра I на открытие в Нежине гимназии высших наук на средства графа Ильи Андреевича Безбородко. 24 января 1803 г. вышли «Предварительные правила народного просвещения», 5 ноября 1804 г. – университетский устав и устав учебных заведений, подведомственных университетам. Согласно этим документам, университеты получили широкую автономию и стали центрами учебных округов, им были подчинены низшие и средние учебные заведения: одноклассные приходские училища, двухклассные уездные училища и четырёхклассные гимназии. Обучение было бесплатным и всесословным. Один или два церковных прихода в зависимости от числа прихожан и «отдаления их жительств» должны были иметь, по крайней мере, одно приходское училище, которое содержалось за счёт местного населения. Училища в помещичьих имениях представлялись на попечение помещиков, на казённых землях – приходских священников или «почтеннейших жителей». В уездных и приходских училищах должен был преподаваться Закон Божий, по возможности священно- или церковнослужителями. Чтобы поднять престиж гимназического образования, П.В. Завадовский отдал своих сыновей в гимназию, считая, что совместная учёба должна сближать людей различных социальных слоёв, однако этот поступок вызвал недовольство столичной аристократии. При непосредственном участии П.В. Завадовского в 1804 г. был принят либеральный «Устав о цензуре», согласно которому цензура вверялась цензурным комитетам из профессоров и магистров при университетах во главе с Главным правлением училищ Министерства народного просвещения. Печатная продукция не должна была содержать ничего «против Закона Божия, правления, нравственности и личной чести какого-нибудь гражданина». 11 апреля 1810 г. П.В. Завадовский был уволен с должности министра и назначен председателем Департамента законов Государственного совета. Избирался почётным любителем Академии Художеств (1794 г.), почётным членом Харьковского университета (1804 г.), Медико-хирургической академии (1808 г.). Награждён орденами св. Георгия четвёртой степени (1775 г.), св. Владимира первой степени (1786 г.), св. Александра Невского (1786 г.), св. Анны первой степени (1797 г.), св. Андрея Первозванного (1797 г.) и алмазными знаками к нему (1805 г.), св. Иоанна Иерусалимского (1799 г.). Похоронен на Лазаревском кладбище Александро-Невской лавры. Надгробное Слово 17 января 1812 г. произнёс ректор Санкт-Петербургской духовной академии архимандрит Филарет (Дроздов; впоследствии митрополит Московский). Отмечая «истинное любомудрие» П.В. Завадовского, он говорил: «Екатерина предприемлет озарить Север благотворными лучами просвещения – и обретает в нём надёжнейшего споспешника в деле, требующем толикой прозорливости, духа и силы. Александр хощет воссотворить свет наук во всём пространстве своего владычества – и избирает его первым своим светоносцем».