Восстановлению обители и прославлению Зосимы и Савватия в немалой степени способствовали соловецкий игумен Алексий (Юренев) и архиепископ Новгородский Макарий. Во вкладной записи в книге Никона Черногорца, вложенной в 1542 г. в Соловецкий монастырь, Макарий называет Зосиму и Савватия «святыми великими чюдотворцами» (Российская национальная библиотека). Около 1540 г. по благословению Макария была составлена общая служба соловецким чудотворцам под 17 апреля, служившаяся с полиелеем или со всенощным бдением. В неё вошли стихиры и каноны из уже существовавших отдельных служб Зосиме и Савватию (на 17 апреля и 27 сентября), которые были дополнены стихирами на литии (каноны Зосиме и Савватию в ней надписаны именем «Спиридона, митрополита Киевского», но данная атрибуция, по мнению исследователей, является недостоверной). 6 июля 1540 г., согласно Новгородской третьей летописи (XVII в.), было начато строительство придела «святых и преподобных отец Зосимы и Саватия, Соловецких чюдотворцев» в Андреевской церкви на Щитной ул. в Новгороде. В начале 1540 гг. для Соловецкого монастыря в Новгороде была написана большая житийная икона Зосимы и Савватия с 55 клеймами, её поместили в местном ряду иконостаса монастырского Спасо-Преображенского собора. После вступления Макария на митрополичью кафедру (1542 г.) почитание соловецких чудотворцев распространилось и в столице, прежде всего, при дворе великого князя. В 1543 г. великий князь Иван IV Васильевич прислал в Соловецкий монастырь «два покрова атласа лазорева» на раки чудотворцев. В это время в обители были обновлены надгробные деревянные часовни Зосимы и Савватия, пострадавшие от пожара. Часовня Зосимы была выстроена на новом месте – за алтарём Успенской церкви, рядом с часовней Савватия, поскольку в монастыре готовились к перенесению мощей Зосимы. Специально к этому событию в Москве игуменом Филиппом были заказаны две большие житийные иконы Зосимы и Савватия, предназначенные для помещения их в киотах у гробниц чудотворцев. Для рак Зосимы и Савватия в 1545 г. были изготовлены новые позолоченные надгробные иконы «осми пядей» с серебряными венцами, украшенные цатами и гривнами. 2 сентября 1545 г. состоялось перенесение мощей Зосимы в новую часовню (эта дата указана в восьми рукописях XVI в., в частности, в таких авторитетных источниках, как Псалтирь следованная Ионы (Шамина), уставщика Соловецкого монастыря и духовного отца игумена Филиппа, – Российская национальная библиотека; Псалтирь следованная благовещенского протопопа Сильвестра, служившего тогда в Новгороде; Псалтирь следованная из Соловецкого монастыря). Вологодско-Пермская летопись датирует это событие 3 сентября 1545 г., эта же дата указана в двух рукописных Уставах середины XVI в. (Библиотека Академии Наук) и в «Минее новым чудотворцам» конца XVI в. (Российская национальная библиотека). В память о перенесении мощей Зосимы в 1545 г. Новгородский архиепископ Феодосий установил празднование под 2 сентября. Свидетельство об этом сохранилось в новгородских богослужебных книгах середины XVI в.: в Служебнике церкви Космы и Дамиана с Холопьей ул. (Российская национальная библиотека), в Уставе церковном (Библиотека Академии Наук) и др.