После закрытия Соловецкого монастыря (1920 г.) мощи Зосимы и Савватия были спрятаны братией от поругания в Спасо-Преображенском соборе монастыря, но сотрудники ОГПУ сумели обнаружить тайник. 22 сентября 1925 г. мощи преподобных были вскрыты и переданы в историко-археологическое отделение музея Соловецкого общества краеведения (СОК), существовавшего при Соловецком лагере особого назначения. В музее СОК раки с мощами святых были выставлены в надвратной Благовещенской церкви по обе стороны царских врат. 19 января 1940 г., после упразднения лагеря, мощи святых увезли в Центральный антирелигиозный музей (ЦАМ) в Москву. После закрытия ЦАМ в 1946 г. св. мощи были переданы в Государственный музей истории религии и атеизма (ныне Государственный музей истории религии), располагавшийся в Казанском соборе Ленинграда. В апреле 1989 г. мощи соловецких преподобных были предъявлены церковной комиссии во главе с Ленинградским и Новгородским митрополитом Алексием (Ридигером; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси). 16 июня 1990 г. состоялась торжественная передача церкви св. мощей Зосимы, Савватия и Германа, которые были перенесены в Троицкий собор Александро-Невской лавры. 19–20 августа 1992 г. св. мощи, сопровождаемые патриархом Алексием II, были перевезены на Соловки и установлены в монастырском Спасо-Преображенском соборе, где 21 августа было совершено богослужение, посвящённое памяти перенесения мощей Зосимы и Савватия в 1566 г. В конце августа мощи трёх соловецких преподобных были перенесены в надвратную церковь Благовещения Пресвятой Богородицы, освящённую патриархом Алексием II 22 августа. В память о возвращении мощей Соловецких чудотворцев в основанный ими монастырь (второе перенесение мощей) 3 апреля 1993 г. было установлено празднование, совпадающее с днём празднования первого перенесения мощей в 1566 г., – 8(21) августа. В настоящее время мощи соловецких первоначальников вместе с мощами Маркелла покоятся в монастырской церкви во имя Филиппа (освящена 22 августа 2001 г. патриархом Алексием II), на лето их перемещают в Спасо-Преображенский собор. Первый акафист Зосиме и Савватию был написан в 1825 г. насельником Соловецкого монастыря иеродиаконом Киприаном («Канон и акафист преп. отцем Зосиме и Савватию» – Российская национальная библиотека), помещён после шестой песни канона. В 1857 г. акафист был представлен настоятелем Соловецкого монастыря Александром (Павловичем) на рассмотрение в Санкт-Петербургский духовно-цензурный комитет (цензурная история текста отразилась в деле Российского государственного исторического архива, 1860 г.). Первая редакция акафиста была отклонена из-за частного характера упоминаемых в прошениях «действий, обстоятельств и событий». В мае 1859 г. новый настоятель Соловецкого монастыря архимандрит Мелхиседек представил в комитет исправленную редакцию акафиста, в сопроводительном письме указывалось, что её автором был архимандрит Александр (Павлович). Эта редакция была разрешена Синодом к печати и издана в 1861 г. Вторая редакция сильно отличается от первоначальной, для которой были характерны короткие и простые прошения, в процессе переработки текст стал громоздким и трудным для чтения.