Судя по составленным им сметам работ, он, сохраняя статус иконописца («к сей росписи (материалов) иконописец Фёдор Евтихиев руку приложил»), наряду с Симоном Ушаковым, возглавлявшим Оружейную палату, предстаёт фактическим руководителем производственной деятельности мастерской. В настоящее время Ф.Е. Зубову атрибутируются девять сохранившихся икон и шесть прорисей в составе Сийского иконописного подлинника. Единичность подписных памятников, обусловленная, главным образом, спецификой работы в команде – «с товарищи», тем не менее, позволяет исследователям на основе изучения индивидуального почерка мастера высказывать с разной степенью достоверности предположения о принадлежности ему ряда икон. Иконописные работы: в 1663 г. Ф.Е. Зубов вместе с другими жалованными иконописцами «был с рукодельем у руки государя» и подносил икону Богоматери; «чинил Большой Деисус в Благовещенском соборе»; в 1664 г. писал иконы для иконостаса в дворцовую церковь преподобномученицы Евдокии; в 1665 г. участвовал в написании семи икон цикла Триоди Цветной; в 1666 г. писал иконы для иконостаса в церкви великомученицы Екатерины, «что у царицы на сенях»; в 1667 г. создал икону «Спас Смоленский, с припадающими Афанасием и Кириллом Александрийскими» для Николо-Коряжемского монастыря (Серпуховский историко-художественный музей); в 1669 г. для иконостаса церкви архангела Михаила Чудова монастыря написал иконы «Святитель Николай Чудотворец» (не сохранилась) и «Апостол Андрей Первозванный» (музеи Московского Кремля); в 1672 г. написал по заказу Улиты Скрыпиной икону «Пророк Илия» для Илиинской церкви в Ярославле (Ярославский художественный музей); в 1673 г. вместе с Никитой Павловцем писал две иконы Божьей Матери «Живоносный Источник» «государю в хоромы»; в 1677 г. по заказу Богдана Матвеевича Хитрово писал иконы для церкви Святой Троицы в его подмосковном владении – селе Ознобишине (сохранилась икона «Святитель Николай Чудотворец», музеи Московского Кремля) и для Архангельского собора Московского Кремля с изображением царей Михаила Фёдоровича и Алексея Михайловича, предстоящих в молении Нерукотворному образу Спасителя (Исторический музей, под записями XVIII и XIX вв.); в 1678–1679 гг. возглавлял работы по созданию икон праотцов для дворцовой церкви преподобномученицы Евдокии и икон для церкви преподобного Иоасафа, царевича Индийского, в селе Измайлове, для местного ряда иконостаса церкви Спаса Нерукотворного в Верхоспасском соборе писал «с товарищи» раму к иконе Спаса Нерукотворного с клеймами легенды (музеи Московского Кремля); в 1680 г. «с товарищи» писал для церкви мученика Иоанна Белоградского, «что у Великого Государя в Верху», Деисусы, праздники и местные иконы, в числе которых – страсти мученика Иоанна Белоградского, для Сретенского собора Московского Кремля – иконостас, апостольские проповеди, для церкви Всех святых в селе Измайлове – местные иконы; в 1683 г. писал иконы для Новодевичьего монастыря (Страстной цикл, часть резных икон фигурного «Распятия с предстоящими» находятся в Историческом музее – музей «Новодевичий монастырь»); в 1685 г. под руководством Ф.Е. Зубова осуществлялись работы по созданию иконостасов в приделы Смоленского собора Новодевичьего монастыря; в 1687 г. под руководством и при участии Ф.Е. Зубова были написаны иконы Спасителя, Богородицы и Иоанна Предтечи для местного ряда иконостаса церкви Нерукотворного образа Спасителя над Воскресенскими воротами; 1688 г. датирована подписная икона «Рождество Пресвятой Богородицы» (музей Андрея Рублёва). Работы Ф.Е. Зубова как знаменщика и миниатюриста: в 1667 г. – лицевое Житие св. Василия Нового (его же «расцвечивал»); в 1669 г. знаменил «по тафтам в Стрелецкий приказ» Спаса Нерукотворного и архангела Михаила; в 1673 г. – образ Покрова Пресвятой Богородицы («с товарищи»); в 1677 г. – Четвероевангелие для царя Фёдора Алексеевича (в том числе руководил работами); в 1678 г. писал лицевое Евангелие в Посольском приказе; с Иваном Филатовым для царевны Ирины Михайловны писал в Евангелии «заставицы, евангелистов и слова красныя».