Все приведённые факты были охарактеризованы как «жидовский обычай». В «Поучении всему православному христианству» осуждённые еретики обвинялись в использовании отречённых книг, исключительном почитании Ветхого Завета, восхвалении «жидовской веры», хуле на Христа, Пресвятую Богородицу, святителей Петра и Алексия, Леонтия Ростовского, Сергия Радонежского и на других святых, в иконоборчестве. На Соборе было осуждено девять человек, почти все – новгородцы. Хотя Геннадий в посланиях обвинял в ереси дьяка Ф.В. Курицына и других москвичей, на Соборе из Москвы фигурировали только «свидетели». Еретики-священнослужители были извергнуты из сана, все еретики отлучены от церкви и отправлены в заточение. Осуждённым была провозглашена анафема. Несмотря на состоявшееся под давлением архиереев осуждение еретиков-новгородцев, Зосима продолжал, по свидетельству Иосифа Волоцкого, оказывать покровительство членам московского кружка жидовствующих, укреплял их влияние в столице, преследовал борцов с ересью: «...Овех убо от Божественнаго причащениа отлучаеть, елици же священици или диакони сих от священьства отлучаеть», клеветал на них великому князю. Помимо «Сказания о новоявившейся ереси» данная ситуация нашла отражение в других сочинениях Иосифа: Послании Суздальскому епископу Нифонту (традиционно датируется 1490–1494 гг., как полагают исследователи, написано не раньше 1502–1504 гг.) и в «Слове» 12 «Просветителя». В двух последних трудах обсуждается вопрос, сохраняет ли архиерей-еретик власть «вязать и разрешать», и опровергается мнение о том, что проклятие архиерея-еретика является действенным. Зосима возглавил несколько архиерейских хиротоний выходцев из Угрешского во имя Николая Чудотворца мужского монастыря, насельники которого, как и насельники Симонова монастыря, были подсудны великому князю во всех делах, кроме духовных. 18 ноября 1490 г. митрополит возглавил хиротонию игумена Николо-Угрешского монастыря Авраамия во епископа Коломенского. На поставление Авраамия не дал повольной грамоты архиепископ Геннадий, т.к. в послании митрополита к Геннадию с требованием о присылке повольной грамоты не было названо имя поставляемого. 4 мая 1493 г. Зосима возглавил хиротонию игумена Николо-Угрешского монастыря Силуана во епископа Сарского и Подонского. Благоволил Зосима и к Троице-Сергиеву монастырю, которому 17 октября 1490 г. выдал жалованную грамоту, освобождавшую монастырские церкви в Переславском уезде от пошлин и суда десятинника. В феврале 1492 г. митрополит «по повелению» Ивана III передал в ведение Пермского епископа Филофея «из своея митрополиа на Вологде, в городе и на посаде, все свои церкви». Пермской кафедре также была передана часть территории Новгородской епархии (что исследователи расценивают как меру, направленную против Новгородского архиепископа Геннадия). В связи с тем, что использовавшаяся Русской церковью пасхалия была рассчитана до 7000 (сентябрь 1492) г., Зосима предпринял действия по составлению новой пасхалии, продолжившей прежнюю. Эта работа велась при митрополичьем дворе в сентябре-ноябре 1492 г. 27 ноября 1492 г. на церковном Соборе Зосима изложил новую пасхалию на 20 лет.