По свидетельству Иосифа Волоцкого, поставление Зосима на митрополичью кафедру, вдовствовавшую больше года после кончины 28 мая 1489 г. митрополита Геронтия, совершилось вследствие рекомендации Зосима великому князю одним из лидеров московского кружка жидовствующих – протопопом Алексеем. Основываясь на факте присутствия в Симоновом монастыре в период настоятельства там Зосимы соборного старца Досифея (Курицына), И.А. Тихонюк предположил «возможную роль братьев Курицыных в возведении на кафедру митрополита Зосимы». Летописи расходятся в указаниях на дату введения Зосимы на митрополичий двор: в Софийской второй летописи указано 2 сентября, в Новгородской летописи по списку Дубровского – 9 сентября, в Типографской летописи – 12 сентября, та же дата приведена в летописной заметке под 6999 г. из Библиотеки Академии Наук. В качестве даты поставления Зосимы на митрополичью кафедру все источники единодушно указывают 26 сентября 1490 г. В архиерейском Соборе, избравшем Зосиму, участвовали Ростовский  архиепископ Тихон (Малышкин), епископы Суздальский Нифонт, Рязанский Симеон, Тверской Вассиан (Стригин-Оболенский), Сарский и Подонский Прохор, Пермский Филофей. Новгородский архиепископ Геннадий (Гонзов), которому великий князь запретил присутствовать на поставлении митрополита, прислал повольную грамоту на избрание Зосима. Сразу же после поставления на митрополичий престол Зосима потребовал от главного борца с ересью жидовствующих Новгородского архиепископа Геннадия исповедание веры, что было для того оскорбительным. Кроме того, Новгородский архиерей был вынужден оправдываться в связи с обвинениями в поддержании незаконных связей с Литвой, а также объяснять, почему в его епархии служат литовские ставленники (обвинение носило не только церковный, но и политический характер, поскольку в это время Россия находилась в состоянии войны с Великим княжеством Литовским). В октябре 1490 г. архиепископ Геннадий обратился с посланием к Зосиме, в котором опровергал обвинения и выдвигал требование церковного осуждения изобличённых им жидовствующих. Одновременно с посланием к митрополиту архиепископ Геннадий обратился с посланием к архиереям – участникам церковного Собора, избравшего Зосиму, в котором настаивал на необходимости осуждения еретиков. Как следует из «Поучения всему православному христианству», написанного от имени Зосимы на основании соборного приговора против жидовствующих в 1490 г., инициаторами осуждения еретиков выступили архиереи, принудившие митрополита созвать 17 октября Собор, в котором под председательством митрополита приняли участие Ростовский архиепископ Тихон, епископы Суздальский Нифонт, Сарский Прохор, Рязанский Симеон, Тверской Вассиан, Пермский Филофей, архимандриты и игумены, в том числе игумен Троице-Сергиева монастыря Афанасий, старцы Паисий (Ярославов) и Нил Сорский, представители белого духовенства. В качестве обвинений на Соборе фигурировали присланные из Новгорода Геннадием «подлинники» следственных дел и показания свидетелей, собранные в Москве. Как следует из «Соборного приговора 1490 г.», еретикам вменялись в вину поругание икон, хулы на Иисуса Христа, Богоматерь, святых, отрицание авторитета семи Вселенских Соборов, нарушение постов, почитание субботы больше воскресенья, неверие в Воскресение и Вознесение Христа.