Грамоту 1641 г. 15 июня 1657 г. подтвердил царь Алексей Михайлович, 20 марта 1682 г. – царь Фёдор Алексеевич. С первым подтверждением в Москву в феврале 1666 г. приезжал зографский архимандрит Каллиник, а со вторым в январе 1696 г. – архимандрит Максим. В связи с его приездом 14 февраля того же года царь Пётр I издал новую грамоту о выделении Зографу 35 руб. каждые пять лет; по ней в Москву в январе 1702 г. вновь приезжал Максим, в феврале 1717 г. – архимандрит Георгий. Императрица Екатерина I передала вопрос об оказании помощи Афону в ведение Святейшего Синода, и в 1742 г. Зографу было положено 35 руб. ежегодно. Но из-за Русско-турецкой войны помощь поступала нерегулярно: 6 марта 1748 г. Святейший Синод вручил зографским иеромонахам Даниилу и Матфею грамоту, в которой сообщалось, что монастырь не получал помощи с 1696 по 1734 гг., и что сумма увеличена до 175 руб. Помимо официальной помощи в ХVII–ХVIII вв. русские цари делали и разовые пожертвования: в 1643 г. в Зограф были переданы деньги на помин души Московского патриарха Филарета (Романова). В сохранившийся «Зографский помянник» вписаны имена Московских патриархов Иова, Ермогена, Никона и Иоакима, русских правителей «со чадами», представителей знати, а также имена многочисленных русских паломников. Со второй половины XVI в. в братии Зографа было значительное число иноков западнорусского происхождения, о чём в середине 1740 гг. сообщал В.Г. Григорович-Барский. Наиболее известен среди них украинский писатель-полемист и борец с унией иеромонах Иоанн (Вишенский), проживавший в Зографе с 1596 г. и с краткими перерывами до кончины между 1621 и 1633 гг. По мнению исследователей, с ним связано появление в монастырской библиотеке каллиграфического Евангелия-тетр 1550 г., переписанного его земляком и, как полагают исследователи, родственником Лукой, протопопом вишненским. Украинские и белорусские монахи в конце XVI – начале XVII вв. переписывали в Зографе церковно-учительную литературу для отправки на родину. Известен украинский список Торжественника в двух томах (Российская государственная библиотека), присланный в 1610 гг. с Афона тем же иеромонахом Иоанном. Устойчивыми связями Зографа с Украиной и Белоруссией объясняется присутствие в помяннике монастыря имён западнорусских иерархов (например, архиепископа Полоцкого Каллиста), украинских гетманов Ивана Самойловича (вложившего в монастырь Евангелие, «зело много на себе сребра имущое, с позлащением и художеством удивителним») и Ивана Мазепы со сродниками. В ХVIII–ХIХ вв. Зограф стал одним из центров болгарского Возрождения. В 1760 гг. здесь работали родоначальники болгарской историографии: анонимный автор так называемой Зографской истории, монах Спиридон из Габрова, автор «Истории во кратце о болгаро-словенском народе» (1792 г.), и архимандрит Паисий Хиландарский, который благодаря богатой монастырской библиотеке завершил «Историю славяно-болгарскую». Позже здесь жили деятели болгарского возрождения иеромонах Неофит (Бозвели), Макариопольский епископ Иларион и др.