В 1456 г. Стефан III вложил в монастырь молдавскую икону великомученика Георгия и вышитую его дочерьми драгоценную завесу для неё, а позднее – два пергаменных с миниатюрами и богатой орнаментикой Евангелия – 1492 г. (Исторический музей) и 1502 г. Его сыновья и преемники также были ктиторами: Богдан III (1504–1517 гг.) завершил строительство пристани, а Петру Рареш (1527–1538; 1541–1546 гг.) купил для монастыря мельницу близ Фессалоники. В 1568 г. Роксандра, мать молдавского правителя Богдана, подарила монастырю 52 тыс. аспр, в 1575 г. молдавский господарь Пётр Шкиопул издал грамоту о ежегодном выделении 100 дукатов и 6,5 тыс. аспр монастырю и 500 аспр больнице. В 1651 г. молдавский господарь Василий Лупу дал монастырю две грамоты (25 марта и 29 мая), по которым в управление Зографа был передан монастырь Добровэц близ города Яссы (современная Румыния; зографская братия возродила монастырь; в 1863 г., после секуляризации господаря Александра Кузы, он был упразднён). В 1698 г. господарь Антиох Кантемир подарил монастырю заброшенный Киприановский монастырь (к 1861 г. этот монастырь имел 50 тыс. га земли, 16 сёл, две пятые части его годового дохода достигали 12–15 тыс. турецких лир и поступали в казну Зографа). В мае 1521 г. Зограф получил статус ставропигиального монастыря актом Константинопольского патриарха Феолипта I. Акту предшествовала жалоба братии патриарху на митрополита Фессалоники, который настаивал на подчинении монастыря ему. В XVI или в начале XVII вв. в Зографе была сфабрикована так называемая Коломанова (Калиманова) грамота якобы 1192 г. (хотя царь Коломан I Асень правил Болгарией в 1241–1246 гг.), скреплённая настоящей печатью его отца, болгарского царя Иоанна Асеня II. Хотя её содержание было вымыслом, призванным узаконить некоторые владения монастыря, её сведения о владениях обители в Охриде, в Струге, в Софии и на Дунае и упоминания исторических деятелей, взятые из древних несохранившихся грамот, по мнению исследователей, могут быть достоверными. О хорошем экономическом состоянии Зографа в середине XVI в. свидетельствует документ 1569 г. о выкупе монастырём как частной собственности в 1568 г. земель, принадлежавших ему до конфискации османскими властями, имеются также упоминание о числе братии (48 монахов) и подробное описание монастырского комплекса и имущества. На территории монастыря находились церковь, трапезная, кухня, больница, три дома, 57 келлий, башня, пекарня, два хлева и четыре колодца; обитель имела владения на полуостровах Афон и Халкидики, в долине реки Стримон, близ города Серры и проч., а также ей принадлежали пристань, 19 домов, мастерская, четыре мельницы, четыре погреба, десять хлевов, три сеновала, 127 га виноградников, десять га садов, десять га маслиновых рощ, три пасеки. Обитель имела 130 коз, 80 овец, 40 коров, 35 буйволов и 9 коней. Документы 1478, 1504, 1519, 1527, 1529, 1548, 1568, 1696 гг. дополняют этот список владениями на полуострове Касандра, близ Драмы, на острове Тасос и проч. В ХVII в. Зограф поддерживал тесные экономические и культурные связи с болгарскими городами (София, Карлово, Дряново) и монастырями Черепишским, Этропольским, Рильским.