Его учение о Святом Духе, тесно связанное с его триадологией, в целом ограничивается крещально-литургическим контекстом. Хотя Зинон рассматривал Святого Духа на одном уровне с двумя другими Божественными Лицами, представление о Его личном существовании выражено у него, равно как и у многих его современников, не столь ясно. Против ариан Зинон учил о совечности Святого Духа Отцу и Сыну, о Его равенстве с Ними. Как и многие другие латинские богословы IV–V вв., он рассматривал Святой Дух в качестве связующего между Отцом и Сыном, по которому вечно сообщается полнота Божественной сущности и силы от Отца к Сыну и наоборот. При толковании исходящего из уст Слова Божия обоюдоострого меча с одной рукоятью (Откр. 1:16; 19:15) Зинон усматривал в нём образ Святого Духа, свидетельствующего о единой сущности, силе, Божестве, величии и воле двух: Отца и Сына. Он рассуждал больше об икономической деятельности Святого Духа: Дух вдохновлял пророков, освящает верующих в крещении, дарует вечную жизнь душам и бессмертие воскресшим телам. Святой Дух подаёт верующим разнообразные дары («munus»), делающие их истинно богатыми; Он есть та «Сила («virtus») Божия, которая покрыла небеса», поскольку именно Святой Дух осенил и покрыл апостолов, чтобы дать им силу к совершению чудес. По вопросу о творении мира Зинон развивал учение о творении из ничего. Прежде всего, он показывал невозможность существования наряду с Богом так называемого «изначального хаоса» («in principio chaos»), т.е. вечной, несотворённой и противоборствующей («repugnans») Богу материи, поскольку считал, что истинным Первоначалом мира может быть только то, что обладает разумом, позволяющим действовать сознательно и обдуманно; материя же, лишённая сознания, косная и бесформенная, требует иного начала, дающего ей бытие, движение и порядок. Поэтому следует признать, что только Бог есть единое Первоначало, только Он существует прежде всего и после всего, только Он – всемогущий, ибо Он сотворил вселенную из ничего («ex nihilo universa constituit»), управляет ею Своей силой и сохраняет её Своим величием. Зинон рассматривал вопрос, каким образом человек был сотворён по образу и подобию Божию. Сотворив и украсив видимый мир как «своего рода дом для будущего рода человеческого», Бог затем «Сам Себе создал Своё чувственное и мыслящее подобие («simulacrum sensibile atque intellegens»), взяв прах земной, образовав из него человека и из собственного источника Своего Духа («e proprio fonte Spiritus sui») вложив в него душу...», «чтобы он стал образом Божьим». Зинон проводил следующую параллель: единый человек создаётся по образу Божию, единому у Отца и Сына, «чтобы Сын, намереваясь облечься в человека, не претерпел при этом какого-либо ущерба». Он полагал, что образ и подобие Божие, скорее, заключаются в духовной части человека – его душе, поскольку образ непостижимого, неизменного и вечного Бога сам должен быть невидимым, непостижимым и вечным. Основываясь на словах апостола Павла об «образе небесного» (1 Кор. 15:49), Зинон соотносил образ Божий с новой духовной жизнью, получаемой верующими в крещении, или с будущей вечной жизнью: «Нам следует считать образом Божьим не это плотское жилище, а духовный (образ) небесного человека, который Господь дарует из щедрого источника Своей полноты верующим в Него, обновлённым небесным рождением».