По учению Зинона, церковь есть Невеста Христова и Дева, потому что она целомудренна и почтена узами небесного свадебного чертога, она остаётся вечной Девой («virgo perpetua») и после брака с Христом, хотя и рождает детей Богу в таинстве духовного рождения. Её, как новую виноградную лозу, вместо старой и неплодной синагоги, «из всех народов насадил для Себя по Своей воле Господь и, подвесив её к блаженному Древу, облагородил священническими обязанностями («sacerdotalibus officiis»); щедро поливая её, Он сделал её плодоносной и научил приносить изобильные плоды». Прообразом церкви, согласно Зинону, в Ветхом Завете была Ниневия, населённая языческими народами, которая не случайно названа градом великим, поскольку указывала, что в будущем все народы мира, верующие во Христа, соберутся в церкви словно бы в едином граде Божьем (ср.: Иона 3:2 слл.), объединившем всех верующих из всех наций и народностей в одно тело («unum corpus»). Предызображением церкви, по его мнению, была также Мариам, сестра Моисея, воспевшая вместе с израильскими женщинами благодарственную песнь Богу после выхода израильского народа из Египта (ср.: Исх. 15:20–21): подобно этому, единая церковь Христова со всеми поместными церквами, которые она породила, воспевает Богу новую песнь и ведёт христианский народ не в пустыню, а на небо. В Новом Завете, как считал Зинон, на церковь указывает гостиница, куда милосердный самарянин (Христос) привёз израненного дьяволом и грехом человека (Адама), и где ему ежедневно подаётся духовное лечение в таинствах и проповедях Священного Писания (ср.: Лк. 10:30–35). Церковь – это также «духовный Иерусалим» («Hierusalem spiritalis»), «новое место священной молитвы и новый народ Божий». Однако Зинон практически ничего не сообщает об устройстве церкви. Из церковных таинств он говорил о крещении и евхаристии. Крещение рассматривается как второе, духовное и небесное, рождение («secunda nativitas, aetheria nativitas»), а также как второе, духовное, обрезание («circumcisio secunda, circumcisio spiritalis»). Как замечал Зинон, если «первое (плотское) обрезание отсекает плоть, то второе отсекает пороки души; первое – железом, второе – Духом, первое – часть, второе – всего человека, первое – только у мужчин, второе – у обоих полов, первое – малую крайнюю кожу, второе – всё мирское вожделение». Вслед за апостолом Павлом Зинон указывал на ещё один ветхозаветный прообраз крещения – переход израильтян через Красное море: как тогда израильский народ, убежав из Египта, прошёл посуху через море, волны которого поглотили преследователей, и достиг пустыни, так теперь новый Израиль, убегая от мирских соблазнов, в водах возрождающего крещения («genitali unda») оставляет все грехи, чтобы достичь рая. Зинон вслед за Тертуллианом связывает установление таинства крещения в Новом Завете с истечением воды и крови – символами крещения и мученичества (второго Крещения) – из пронзённого бока Спасителя. Особенно он раскрывает тему крещения в своих пасхальных огласительных проповедях. В них купель крещения предстаёт то как чрево Матери-Церкви или её утроба («venter/gremium ecclesiae»), рождающая детей Богу, то как могила для ветхого человека с его грехами и страстями и одновременно купель новой жизни («lavacrum vitale»), в которой духовная вода («spiritalis unda, salubris unda, calor salutaris»), т.е. вода, на которую призывается Святой Дух, совершает спасение человека и дарует ему вечную жизнь.