Зилоты, потерявшие власть и оставшиеся без предводителя, вступили в переговоры с сербами. Стефан IV Душан подкупил при посредстве зилотов многих горожан и установил осаду Фессалоники. Под угрозой сдачи города сербам Алексей Метохит и «филоромейская» партия направили примирительные послания к Кантакузину, извещая о свержении Андрея Палеолога и прося помощи. Император направил к Фессалонике своего сына Матфея в сопровождении союзных османских войск своего зятя эмира Орхана, а сам вместе с Иоанном V Палеологом срочно отправился туда морем. Изгнав зилотов, он намеревался вернуться в Константинополь, а Иоанна V оставить среди фессалоникийцев. В конце осени 1350 г. оба императора прибыли в Фессалонику и при помощи случайно встреченных по пути турок отогнали сербов. Кантакузин созвал народное собрание, на котором обвинил зилотов в сговоре с сербами и обличил не только в развязывании войны против него самого, но и в исконной враждебности к Иоанну Палеологу, за которого они притворно боролись, и ко всем соотечественникам. Наиболее видные зилоты были арестованы и отправлены в Константинополь, а прочие изгнаны из города. Вскоре в Фессалонику смог прибыть и Григорий Палама. По мнению исследователей, источники крайне скупо упоминают о целях и мероприятиях зилотов, схематично описывая их правление как почти непрерывный мятеж бедноты во главе с наглыми выскочками против «лучших людей». При этом собственно партия зилотов последовательно отделяется как в целом от народа, так и от моряков. И Григора, и Кантакузин противопоставляют зилотам не только наиболее богатых и знатных граждан, но и «средних», подчёркивая, что те присоединялись к мятежникам лишь из-за страха. В рассказе Григоры зилоты предстают как группа беспринципных людей, которые в критический момент осады города натравили бедноту на имущих граждан, роптавших из-за наносимого войной урона их имуществу. Димитрий Кидонис, оплакивая гибель Иоанна Апокавка и его сторонников, пишет: «Рабы и бедняки стали господами… Граждане, более вероломные, чем варвары…, доводили до нищеты человека, способного на свои личные средства содержать целое войско… Лишая собственности, они негодуют при мысли, что, оставшись живыми, их жертвы припомнят им свои несчастья». «Лучшие пали, а ремесленники и худшая часть граждан дурным образом захватили власть», – вторит ему Григорий Палама. Однако во главе зилотов стояли не выходцы из простонародья, а представители знатнейшей в империи фамилии Палеологов (хотя были ли они в родстве с членами правящей династии, для исследователей остаётся неясным). Сторонники Кантакузина были не только среди аристократов, но и среди «народа». Исследователи не сомневаются, что именно беднейшие слои населения придавали массовость движению зилотов, но оно включало и представителей среднего и высшего класса. В течение нескольких лет крупный город в разорённой стране, изолированный со стороны суши от внешнего мира, успешно выдерживал многократные осады и сохранял вполне эффективное военное и гражданское управление.