Ко времени, когда монастырём управлял святитель, относили сооружение древних царских врат. В Зеленецком монастыре также хранились: напрестольное Евангелие в серебряном окладе, которое, согласно надписи, было «построено» митрополитом Корнилием в августе 1676 г. для обители; Евангелие (1647 г.) в серебряном окладе, изготовленном в 1667 г. «подьячим Петром Меркурьевым… на поминку душ своих родителей»; напрестольный серебряный позолоченный крест, украшенный стразами и финифтью, мелким жемчугом и драгоценными камнями; наперсный крест с мощами св. Михаила, Григория Богослова, Иоанна Златоуста, великомученицы Варвары и равноапостольного князя Владимира; крест, изготовленный для русского посольства в Риме (пожертвован в 1846 г. архимандритом Герасимом). В Троицком соборе почитались три иконы. Местная икона Святой Троицы (160х149 см) была украшена тремя серебряными позолоченными венцами с цатами и тремя ожерельями из мелкого жемчуга, «в венцах и цатах восемнадцать простых камешков в серебряных оправах». На 26 клеймах представлены библейские и апокрифические сюжеты (например, «Ангел Господень Авраама посади на два голубия, а сам сяде на криле и показа огня велика»). Под иконой была сделана подпись: «Лета 7185 (1677) писал сей образ иконописец Михаил Корнилиев». Тот же мастер, работавший в Новгороде и Старой Руссе, написал парную икону для иконостаса «Сошествие Святого Духа с апостольскими проповедями» (180х169 см) с 28 клеймами. В верхних клеймах изображены «Святая Троица» (трижды), «Распятие», «Положение во гроб», «Воскресение», «Вознесение» и «Тайная вечеря» (дважды), в 12 боковых – 12 апостолов с краткими надписями об особенностях их служения и местах пребывания. В трёх клеймах были изображены апостол Иаков, брат Господень, архидиакон первомученик Стефан и апостол Пётр. Последние четыре клейма были посвящены деяниям апостола Павла. За правым клиросом на столпе находилась икона Преображения Господня. Согласно главной церковной и ризничной описи 1856 г., в ризнице Зеленецкого монастыря хранились семь напрестольных Евангелий в серебряных и позолоченных окладах; семь напрестольных сребропозлащённых крестов; четыре комплекта сребропозлащённых богослужебных сосудов; три ковчега (серебряный, сребропозлащённый и накладного серебра); сребропозлащённая дароносица; три серебряных кадила; пять митр; два наперсных серебряных креста; десять комплектов воздухов и покровцов; покровы на престол и жертвенник; две плащаницы с покровами; десять парчёвых и бархатных священнических риз; десять подризников; десять диаконских стихарей с орарями; шесть икон в серебряных и сребропозлащенных ризах и окладах. По описи 1920 г., в ризнице находились 15 напрестольных Евангелий (из них пять в серебряных окладах); семь напрестольных сребропозлащённых крестов; шесть сребропозлащённых потиров с дискосами, со звездицами и лжицами; 14 сребропозлащённых тарелочек; пять сребропозлащённых ковшецов; три напрестольных сребропозлащённых ковчега и один – накладного серебра; серебряная дароносица; три серебряных кадила; 17 наперсных крестов (из них один золотой, остальные серебряные и сребропозлащённые); три плащаницы; 11 воздухов; семь икон в серебряных ризах; три серебряные лампады, а также подсвечники, покровы, священнические и диаконские облачения. Серебряные «трапезные» блюда были с надписями, например: «Блюдо строителя иеромонаха Филарета Козловского».