Предположительно в XVII в., после разорения Восточной Грузии иранским шахом Аббасом I (1587–1629 гг.), Зедазени окончательно пришёл в упадок. В конце XVII – XVIII вв. на горе Задени обосновались представители северо-кавказских племён, совершавшие набеги в долину реки Арагви с целью увести людей в рабство и захватить скот. В 1705 г. сильно пострадала церковь в Зедазени. В первой четверти XVIII в. в зедазенских лесах был захвачен в плен и увезён в Дагестан грузинский поэт Давид Гурамишвили (1705–1792 гг.), чей родовой дом находился поблизости, в селе Сагурамо. Монастырь дважды обновлялся при католикосе-патриархе Восточной Грузии Доментии IV (Багратиони; 1705–1741 гг.). Историк XVIII в. Вахушти Багратиони писал, что из-под фундамента церкви Зедазени «струится вода, которая собирается в каменном бассейне, чтобы она не проливалась..., и этой водой лечат недуги». К 1849 г. Зедазени был отреставрирован, но затем вновь подвергся разрушению. Михаил (Гоброн) Павлович Сабинин в «Рае Грузии» писал, что во второй половине XIX в. церковь во имя св. Иоанна Крестителя в Зедазени находилась «в плачевном состоянии». Он также сообщал, что с древности в день памяти Иоанна Зедазнели случается «дивное знамение Божие – течение воды со всего храма в небрежно устроенный бассейн, находящийся на северной стороне внутри храма, в трёх саженях от гроба святого». Зедазноба (престольный праздник Зедазени) часто посещали Илия Чавчавадзе, совершавший из своего поместья в Сагурамо пешие прогулки до Зедазени, а также гостивший у него немецкий литератор Артур Лейст, познакомивший западноевропейского читателя с некоторыми произведениями грузинской литературы. В 1885–1889 гг. настоятель монастыря Шиомгвиме Александр (Окроперидзе) реставрировал Зедазени на личные средства (11 тыс. руб.), 10 января 1888 г. он «принял монастырь Иоанна Зедазенского» по благословению экзарха Грузии архиепископа Палладия (Раева). Монашеская жизнь возобновилась, но ввиду труднопроходимости зедазенских лесов, ставших прибежищем для разбойников, Зедазени редко посещали богомольцы. Поскольку монастырь не владел ни земельными угодьями, ни иными источниками дохода, насельники вскоре вновь покинули обитель. С 1929 по 1944 г. Зедазени стал убежищем для исповедника Евфимия (Кереселидзе), который хранил здесь ценные нотные рукописи грузинского оперного певца Филимона Исаевича Коридзе, продолжая писать музыку для духовных песнопений и работать над церковным календарём. В годы Великой Отечественной войны он был единственным насельником монастыря; здесь же святой преставился и похоронен у восточной стены церкви. Архимандрит Рафаил (Карелин) в сочинении «Тайны спасения: Беседы о духовной жизни» приводит рассказ одного гурийца, который «во время гонений» встретил в заброшенном Зедазени подвизавшегося там в подвиге молчания архимандрита Парфения (Апциаури); после Великой Отечественной войны католикос-патриарх Грузии Каллистрат (Цинцадзе) перевёл архимандрита Парфения из Зедазени в Светицховели (погребён в мцхетском женском монастыре Самтавро).