В историографической концепции Захарии важное место занимают размышления о числе 666 в христианской истории. Первая тысяча лет от Рождества Христова описывается как Царство Христово, после которого началось «освобождение» («розвязане») дьявола, происходящее поэтапно в соответствии с исполнением в истории числа 666. Начало этому процессу положили отделение Западной церкви и отпадение в латинство части славянских народов. (Захария подробно останавливается на описании наказаний, которыми Бог покарал католическую церковь за отделение; эта часть «Палинодии» является ответом на приведённые Л. Кревзой примеры наказания Богом Восточной церкви.) Начало второго этапа «освобождения» дьявола Захария относит к 1600 г. и связывает с заключением Брестской унии. Данная концепция оказала впоследствии большое влияние на эсхатологические представления старообрядцев благодаря публикации отдельных глав «Палинодии» в «Книге о вере» (М., 1648 г.). В XVIII–XIX вв. части «Палинодии» получили широкое распространение в старообрядческой рукописной традиции. В начале 1620 гг. Захария написал ещё одно антиуниатское сочинение «О правдивой едности правоверных христиан Церкви Всходной...». В нём полемист пишет о неканоничности Брестской унии, предостерегает православных от общения с униатами, обличает «ереси» католиков. Исследователям известно, что к книге «О правдивой едности правоверных христиан Церкви Всходной...» Захария добавил толкование молитвы «Отче наш». В таком виде книга «О правдивой едности правоверных христиан Церкви Всходной...» помещалась после авторского текста «Палинодии» в утраченном списке-автографе Захарии. В старообрядческом издании 1910 г. книга «О правдивой едности правоверных христиан Церкви Всходной...» состоит из 40, а не 44 глав, как в ряде списков, к нему добавлено вместо толкования молитвы «Отче наш» три послания монаха Иоанна (Вишенского). В 1625 г. в типографии Киево-Печерского монастыря разными изданиями были опубликованы две проповеди Захарии, посвящённые памяти архимандрита Елисея (Плетенецкого). На погребении своего духовного отца он произнёс «Казанье на честном погребе блаженного мужа и превелебного отца кир Елисеа, в иеросхимонасех Евфимиа, Плетенецкого», в котором содержится немало важных сведений о деятельности почившего. К первой годовщине смерти архимандрита Елисея Захария написал сочинение «Омилиа, албо Казанье на роковую память в Бозе велебного блаженной памяти отца Елиссеа, в иеросхимонасех Евфимиа, Плетенецкого». «Омилия» представляет собой трактат, разъясняющий смысл молитв за усопших, установления им годовой памяти, третин, девятин и сорочин. В украинской историографии некоторое время была принята точка зрения, впервые изложенная Анатолием Григорьевичем Ершовым, который считал, что Захария был автором Густынской летописи, однако это предположение исследователи считают маловероятным, потому что многочисленные текстовые совпадения в Густынской летописи и «Палинодии» объясняются тем, что неизвестный автор летописи использовал «Палинодию» в качестве источника.