С началом Второй мировой войны Б.К. Зайцев возобновил публикацию дневниковых записей, новая серия получила название «Дни» (продолжал вести их и после закрытия газеты «Возрождение», опубликовано: Париж; М., 1995 г.). Он писал: «...Большевики одно, а мы другое… Вернулось прежнее: двадцать пять лет назад мы были с Антантой, так и остались. …Промысл ставит нас против них – в ряды тех, кто за культуру против варварства, за христианскую цивилизацию Европы против безбожия и зверства, за человечество против робота и казармы. Нет, нам стесняться нечего. …У нас есть одно, весьма замечательное: правда на нашей стороне» (Возрождение. 1939 г.). После оккупации Франции в 1940 г. германской армией Б.К. Зайцев почти не печатался в немногочисленных русских изданиях, выходивших в Европе, воздерживался от политических заявлений. По воспоминаниям знакомых, он практически не высказывал отношения к войне между Германией и СССР и не разделял надежд на быстрое освобождение России от большевиков силами германской армии. В 1942–1943 гг. несколько раз посещал православный Покровский монастырь в Бюси-ан-От в Бургундии, в том числе вместе с архимандритом Киприаном (Керном) и К.В. Мочульским. В годы войны написал повесть «Царь Давид» (Новый журнал, 1945 г.), автобиографический очерк «О себе» (Возрождение, 1957 г.) и др. Весной 1945 г. Б.К. Зайцев начал сотрудничать в нью-йоркском «Новом журнале», с апреле 1947 г. – в новой парижской газете «Русская мысль», в 1953 г. писал для нью-йоркского журнала «Опыты». С 1955 г. печатался в «Вестнике Русского студенческого христианского движения», с 1959 г. сотрудничал с мюнхенским альманахом «Мосты». В 1947 г. был избран председателем Союза русских писателей во Франции, оставался им до конца жизни; добился исключения из Союза литераторов, принявших советское гражданство. В 1950 гг. выходили книги Б.К. Зайцева «В пути» (Париж, 1951 г.; сборник, включавший предисловие «Молодость – Россия», рассказы «Странное путешествие», «Авдотья-смерть», повесть «Анна» и послесловие «Вандейский эпилог»), «Италия» (Нью-Йорк, 1951 г.; фототипическое издание рукописи отдельной брошюрой), рассказ «Звезда над Булонью» (Новый журнал, 1955 г.), очерк «Латинское небо» (Русская мысль, 1956 г.), рассказ «Разговор с Зинаидой» (Новый журнал, 1958 г.) и др. В ноябре 1956 г. выступил с чтениями в Гоголевской библиотеке в Мюнхене, прочитал, в частности, очерк «Достоевский и Оптина пустынь» (Русская мысль, 1956 г.). С марта 1959 г. вёл переписку с Борисом Леонидовичем Пастернаком. 2 февраля 1957 г. супруга писателя В.А. Зайцева перенесла инсульт, в течение двух лет Б.К. Зайцев ухаживал за ней, вёл под её диктовку дневниковые записи бытового характера. В 1967–1969 гг. издавал с собственными комментариями «Повесть о Вере» и «Другая Вера. Повесть временных лет» – избранные места из переписки Веры Николаевны Буниной (Муромцевой) и В.А. Зайцевой (Русская мысль, 1967 г.; Новый журнал, 1968, 1969 гг.).