Старый иконостас верхнего Скорбященского храма, так же как и утварь обветшавшего придела Феодора Тирона, сгорел во время пожара 1737 г. (как полагают исследователи, после пожара этот придел был упразднён). По описанию 1781 г., в верхней Скорбященской церкви находился деревянный резной позолоченный четырёхъярусный иконостас, который сохранялся за более новым до начала XX в. Клиросы и проповедническая кафедра были богато вызолочены к концу XIX в. Высокое, залитое светом внутреннее пространство храма с трёх сторон окружали хоры, которые в настоящее время переделаны в балконы внутри выступающих прясел. Верхний храм был целиком расписан на сюжеты из «Ветхозаветной и Новозаветной истории. Свет в этот храм обильно притекает из стеклянной галереи, слуховых окон и купола; глаз молящегося приятно нежит голубой фон стенной живописи храма». В конце XVIII в. в нижней Спасской церкви находился двухъярусный «каменный раскрашенный красками и местами позолоченный» иконостас. Деревянные царские двери с шестью образами были также раскрашены и местами позолочены. Храмовая икона «Спас Нерукотворенный» была украшена серебряным венцом, в 1793 г. – алмазами и изумрудами. В 1812 г. французские солдаты разорили и осквернили Спасский собор, устроив в нём конюшню; затем он был восстановлен; перестраивался в 1851 г. (изменена форма главы) и во второй половине XIX в. Согласно описанию начала XX в., в алтарном иконостасе нижнего храма находились иконы Нерукотворного образа Спасителя в серебряной ризе, Божьей Матери в серебряной ризе, великомученицы Екатерины, Марии Магдалины пред Распятием, апостола Иоанна Богослова, князя Александра Невского, апостолов Петра и Павла, а также живописное изображение Иоанна Крестителя с хоругвями или бумажными развёрнутыми свитками. На стенах алтаря – живописные изображения Рождества Иисуса Христа, святителей Николая Чудотворца и Спиридона Тримифунтского. Среди святынь за правым клиросом в небольшом киоте хранились частицы мощей апостолов Андрея Первозванного и Варнавы, первомученика архидиакона Стефана, Спиридона Тримифунтского, Михаила Синадского (Фригийского), Андрея Стратилата, мученицы Саломии, Стефана Нового, великого князя Василия Ярославского, преподобных Пимена Великого и Макария Калязинского. Здесь же хранился киот с частицами мощей святых, частицами от камня, на котором «возвести Ангел о Христовом Воскресении», два камня из «Столпа Господня». К 2008 г. первоначальные убранство и росписи храма были полностью утрачены. Описание, в котором указаны размеры участка и ориентировочная топография построек Заиконоспасского монастыря, содержится в переписи дворов Китай-города после пожара Москвы 1626 г. Согласно переписи, монастырь располагался вдоль Никольской ул., занимал 14 сажён, в глубину, к Китайгородской стене, – 16 сажён; деревянная монастырская церковь выступала на линию улицы, и в 8 сажён от неё во дворе находилась каменная церковь длиной 6 сажён. К востоку от Заиконоспасского монастыря указана Никольская обитель. Оба монастыря разделяют деревянные кельи, отстоящие от алтаря каменного храма на полторы сажени. Земля к западу от Заиконоспасского монастыря принадлежала Земскому двору.