Среди дарителей были И.Е. Забелин, московские купцы-коллекционеры Пётр Иванович Щукин (предметы быта и искусства, старинное оружие, документы – более 30 тыс. предметов) и Алексей Петрович Бахрушин (церковные древности, рукоделия, фарфор, миниатюры, лубок и проч. – более 2 тыс. предметов), сотрудники и друзья музея – Василий Алексеевич Городцов, Алексей Васильевич Орешников, Вячеслав Николаевич Щепкин, Дмитрий Николаевич Анучин, Елпидифор Васильевич Барсов, Пётр Иванович Бартенев, Дмитрий Иванович Иловайский, Николай Петрович Лихачёв, Дмитрий Александрович Ровинский, Иван Владимирович Цветаев, художники Александр Николаевич Бенуа, братья Аполлинарий Михайлович и Виктор Михайлович Васнецовы, Василий Васильевич Верещагин, Василий Дмитриевич Поленов и др. Коллекции музея при И.Е. Забелине выросли более чем в 200 раз. Исторический музей стал центром научной и культурной жизни Москвы. Здесь проходили лекции, концерты, археологические и этнографические выставки. Для занятий и консультаций музей посещали Иван Сергеевич Тургенев, граф Лев Николаевич Толстой, Илья Ефимович Репин, Василий Иванович Суриков, Константин Егорович Маковский, Николай Константинович Рерих, А.Н. Бенуа и другие писатели, художники, деятели искусства. Посещаемость музея к началу ХХ в. достигала 39 тыс. человек в год. В 1891 г. И.Е. Забелину был пожалован чин тайного советника, в 1908 г. – чин действительного тайного советника. И.Е. Забелин имел огромный опыт и вкус к коллекционированию старинных вещей и документов, которым он начал заниматься в годы службы в Дворцовом ведомстве, посещая толкучие рынки и антикварные лавочки. Изначально проявлял интерес к предметам быта, что диктовалось не столько скудостью его средств, сколько идеями о значении быта как основы для общественной и культурной жизни. В то же время научные интересы И.Е. Забелина обусловили его внимание к старинным рукописям и старопечатным книгам. В составе его документальной коллекции сохранилась часть архива Донского монастыря, отражающая архитектурное развитие и административно-хозяйственную деятельность обители в конце XVII – XVIII вв., выписки из документов архива Московской консистории по истории московских и подмосковных церквей и их копии. Личная коллекция И.Е. Забелина, поступившая в Исторический музей в 1909 г. по его завещанию, включала более 950 рукописей ХV–XIX вв., редкие карты, иконы, иконные прориси, церковные древности, предметы быта, научный архив и библиотеку в 10 825 томов (его книжное собрание стало основой созданной в 1938 г. Государственной публичной исторической библиотеки). На проценты с капитала в 70 тыс. руб., завещанного И.Е. Забелиным Историческому музею для приобретения коллекций, в разные годы были куплены Евангелие-апракос ХIII в., летописец XVI в., несколько лицевых рукописей и предметы старинного быта, пять портретов семьи Пущиных и многое другое. И.Е. Забелин похоронен на Ваганьковском кладбище в Москве. С 1990 г. ежегодные научные чтения, проходящие в Историческом музее, именуются Забелинскими. С 1990 гг. труды И.Е. Забелина активно переиздаются в России.