В 1871 г. выступил в Московском обществе любителей художеств с концептуальным докладом «Черты самобытности в древнерусском зодчестве», который впоследствии трижды издавался. Анализируя такие памятники, как деревянные церкви в Кижах, Димитриевский собор во Владимире, Спасо-Преображенский храм в Великом Новгороде, церкви в Коломенском и в Дьякове, И.Е. Забелин доказывал, что в XVI в. на основе традиций деревянного зодчества сложился самобытный русский стиль в архитектуре, образцом которого является Покровский собор (храм Василия Блаженного) в Москве. В 1873 г. И.Е. Забелин был включён в комиссию по наблюдению за реставрацией Правильной и Книгохранительной палат в Кремле. С этого времени он входил почти во все подобные комиссии по реставрации важнейших памятников архитектуры. Ему принадлежит ведущая роль в восстановлении облика соборов XII в. во Владимире. За труды по реставрации Благовещенского собора в Кремле был награждён в 1896 г. орденом св. Владимира второй степени. В 1872–1873 гг. И.Е. Забелин издал двухтомник «Опыты изучения русских древностей и истории», в котором объединил свои лучшие статьи и очерки, написанные на основе архивных документов. В сборник вошли такие его работы, как «Детские годы Петра Великого», «Три неизвестных гробницы в московском Архангельском соборе», «Московские сады в XVII столетии», «Хроника общественной жизни в Москве с половины XVIII столетия» и др. В 1870 гг. вышли в свет сочинения И.Е. Забелина «Большой боярин в его вотчинном хозяйстве» (М., 1871 г., две части), «Кунцово и древний Сетунский стан» (М., 1873 г.) и другие исследования, в которых реализовался его основной тезис, что «с народом нельзя иначе знакомиться, как только посредством мелочей его жизни». В 1871 г. университет св. Владимира в Киеве в знак уважения к научным заслугам И.Е. Забелина присудил ему степень доктора русской истории. С 1884 г. он являлся членом-корреспондентом, с 1907 г. – почётным членом императорской Академии Наук, в 1879–1888 гг. был председателем Общества истории и древностей российских. Состоял действительным и почётным членом многих научных учреждений и обществ, включая Московское Археологическое общество, императорское Общество поощрения художеств, Общество любителей естествознания, антропологии и этнографии, губернские учёные архивные комиссии и др. Но его положение в научном мире оставалось неоднозначным. Со стороны академического сообщества в адрес историка неоднократно раздавались упрёки в отсутствии систематического образования, непоследовательности теоретических воззрений. И.Е. Забелин в полной мере не примкнул ни к одной из существовавших в его время исторических школ. Восхищение личностью Петра I сближало его с западниками, любовь к допетровской старине, церковному искусству и книжности – со славянофилами. Большое влияние на него оказала государственная школа, в первую очередь, труды К.Д. Кавелина. Взгляды И.Е. Забелина на историю соответствовали «органической теории» исторического процесса. В русской истории и государственности он видел продукт естественного развития общества как целостного организма. Попыткой изложить собственные теоретические представления стал труд «История русской жизни с древнейших времён» (М., 1876–1879 гг., две части).