В его настоятельство была восстановлена надвратная церковь первомученика Стефана, для которой Зинон создал каменный иконостас с фресковыми иконами (1996 г.). По благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II к 600-летию Сретения в Москве (26 августа 1395 г.) Владимирской иконы Божьей Матери исполнил её список (1995 г., ныне в Оптиной пустыни). В 1995 г. Зинон был удостоен Государственной премии РФ «За вклад в возрождение иконописной традиции в России» (денежная часть премии передана Высшей Свято-Филаретовской московской православно-христианской школе). 28 ноября 1996 г. указом архиепископа Псковского и Великолукского Евсевия (Саввина) Зинон был запрещён в служении за причащение на католической мессе в неосвящённом храме Мирожского монастыря. Указом от 21 декабря 2001 г. патриарха Алексия II запрещение было снято. После запрещения в служении Зинон с монашеской общиной удалился в основанный им скит в деревне Гверстонь (Печорский район Псковской области). В этот период по заказам духовенства и мирян написал множество икон, создал несколько иконостасов для храмов и монастырей. В 2000–2002 гг. по проекту Зинона в скиту был построен храм, для которого были выполнены энкаустические (в интерьере) и мозаичная (на фасаде) иконы, а также царские врата в технике золотой наводки по меди. В 2004–2005 гг. Зинон работал над сооружением и росписью фресковой алтарной преграды для церкви Сергия Радонежского в посёлке Семхоз (в черте города Сергиев Посад), основанной на месте гибели протоиерея Александра Меня. С 2006 по 2008 гг. по приглашению епископа Венского и Австрийского Илариона (Алфеева) в Никольском соборе в Вене вместе с выпускниками факультета церковных художеств Православного Свято-Тихоновского университета, художниками иконописной школы церкви Николая Чудотворца в Клённиках (Москва) и иконописцами из Польши Зинон выполнил стенную роспись; также написал иконы для иконостаса нижнего придела собора. С 2008 г. Зинон пребывает на Афоне, где расписывает храм в монастыре Симонопетра. Творчество Зинона 1970 – начала 1980 гг. было связано с освоением традиций древнерусской иконописи XV – начала XVI вв. в значительной мере под влиянием монахини Иулиании (Соколовой). С середины 1980 гг. вслед за изучением псковской иконописи XIV–XV вв. он обратился к домонгольской культуре Древней Руси и к византийской традиции, с середины 1990 гг. – к раннехристианским памятникам Рима, Равенны, Синая. Помимо работы в традиционной для иконы технике яичной темперы Зинон осваивает и другие техники: энкаустику, мозаику, золотую наводку по меди, различные виды золочения. В технологии иконописи использует разные системы последовательности работы, например, возрождает бессанкирное письмо по среднему тону (мембране), под которым виден детально проработанный тональный рисунок по левкасу (гризайль). Зинон постоянно экспериментирует с защитными покрытиями иконы, изучая древние рецепты олифы, составы органических лаков, а также свойства современных синтетических материалов. В монументальных работах использует технику фрески (альфреско) и росписи на извести с присутствием органических связующих (секко), кроме традиционных технологий применяет силикатные составы. Его технологические изыскания базируются на изучении как структуры древних икон и росписей, так и теоретических трудов авторов разных эпох и культурных традиций, например, «Трактата о живописи» Ченнино Ченнини (последняя четверть XIV в.), «Ерминии» иеромонаха Дионисия Фурноаграфиота (около 1730 – 1733 гг.). Зинон занимается оформлением книг, проектированием храмов и иконостасов, созданием эскизов для церковной утвари и облачений, консультирует учеников по вопросам техники, технологии, смысла и содержания иконописного образа, его связи с церковной традицией.