П.В Знаменский также опубликовал «Историю Казанской духовной академии» (Казань 1891–1892 гг.). С 1875 г. состоял председателем комиссии, составляющей «Описание рукописей Соловецкого монастыря, находящихся в библиотеке Казанской духовной академии» (тт. I–II, Казань, 1881–1885 гг.); т. III при «Православном Собеседнике», которое выходило под его редакцией и в котором рукописи исторического содержания описаны исключительно им. П.В. Знаменский издал также «Записки архиепископа Василия Лужинского» (Казань, 1885 г.). В 1896 г. переделал своё «Руководство к русской церковной истории» в «Учебное руководство по истории русской церкви» (СПб., 2-е изд., СПб., 1904 г.). Главные труды: «История Российская Татищева в отношении к русской церковной истории» («Труды Киевской духовной академии», 1862 г.); «Исторические труды князя Щербатова и Болтина в отношении к русской церковной истории» (там же); «Законодательство Петра Великого относительно духовенства» («Православный Собеседник» 1863); «Церковные вотчины при Петре Великом» («Православный Собеседник» 1864); «Законодательство Петра Великого относительно чистоты веры и церковного благочиния» (там же, 1864); «Заметки касательно устройства древней новгородской иерархии» (там же, 1863 и «Время», 1863, кн. 4); «Приходское духовенство на Руси XVI и XVII в.» (Казань, 1865); «Приходское духовенство со времени реформы Петра» (Казань, 1872); «Чтения из истории русской церкви за время царствования Екатерины II» («Православный Собеседник» 1875); «Основные начала духовно-училищной реформы в царствование Александра I» (Казань, 1878); «Сильвестр, митрополит казанский» («Православный Собеседник», 1878, № 4, 5 и 6); «Духовные школы в России до реформы 1808 г.» (Казань, 1881); «Сергей Шелонин, малоизвестный писатель XVII в.» («Православный Собеседник» 1882 г., № 2 и 4); «Произведения соловецкой письменности, относящиеся к личности св. Филиппа московского» («Православный Собеседник» 1883 г., № 4); «Народные верования, относящиеся к пчеловодству» («Странник», 1883 г., № 7); «Шестоднев Афанасия Холмогорского» (там же, № 12); «Чтения из истории русской церкви за время царствования императора Александра I» (Казань, 1885). Более поздние труды: «На память о Николае Ивановиче Ильминском» (Казань, 1892); «Печальное двадцатипятилетие» («Православный Собеседник», 1896, I); «Участие Н.И. Ильминского в деле народного образования в Туркестанском крае» (там же, 1900); «Несколько материалов для истории алтайской миссии и участие в её делах Н.И. Ильминского» (там же, 1901); «Богословская полемика 1860-х годов об отношении православия к современной жизни» (там же, 1902).