Здравомысловым (и при ближайшем его участии) было подготовлено около 2/3 текстов статей, содержащих биографии духовных лиц, для РБС, автор 50 статей в ПБЭ (из них 25 осталось в неопубликованной части). Один из наиболее известных печатных трудов К.Я. Здравомыслова – «Иерархи Новгородской епархии от древнейших времён до настоящего времени: Краткие биографические очерки» (Новгород, 1897) – включает 118 биографий (в 1896–1897 гг. они печатались в «Новгородских епархиальных ведомостях»). К.Я. Здравомыслов имел девять высочайших благодарностей за научные труды и пять золотых рецензентских медалей за отзывы на сочинения Родосского, Ивана Михайловича Покровского, Павла Николаевича Луппова, подготовленные по поручению Санкт-Петербургской Академии наук и Общества истории и древностей российских для представления на Уваровскую, Ахматовскую и Карповскую премии. В отзыве на книгу Родосского «Биографический словарь студентов первых XXVIII курсов Санкт-Петербургской духовной академии» он исправил и дополнил более чем 400 из 1380 имеющихся в словаре биографий и опубликовал таблицу для будущих составителей подобных словарей, содержащую сведения о справочных изданиях по 57 епархиям (общие сведения о епархиях, об истории учебных заведений, указатели епархиальных ведомостей). Впоследствии в качестве одного из составителей принял участие в подготовке «Биобиблиографического словаря» выпускников Санкт-Петербургской духовной академии 1871–1918 гг. (работа продолжалась до 1930 гг.  и осталась незавершённой). К.Я. Здравомыслов состоял членом различных научных и благотворительных учреждений. С 1892 г. – почётный член и помощник председателя Общества попечения о бедных военного и морского духовенства, находившегося под покровительством императрицы Марии Феодоровны. С 12 ноября 1896 г. – делопроизводитель Комиссии по разбору и описанию архива Синода. 1 марта 1901 г. назначен членом образованной при Академии наук комиссии для установления правил пересылки рукописей и книг как в русские, так и в заграничные общества. С 24 февраля 1904 г. – член Комиссии по вопросу о русском правописании при Отделении русского языка и словесности при Академии наук. Входил в совет Общества духовной и материальной взаимопомощи бывших питомцев Санкт-Петербургской духовной академии, в Комитет по охране памятников старины. Как представитель Ведомства православного исповедания участвовал в 1909–1912 гг. в работе межведомственной комиссии, созданной при МВД и Государственной думе для выработки законопроекта об охране памятников церковной старины (это был первый закон подобного рода). По приглашению Финляндского архиепископа Сергия (Страгородского) участвовал в работе Комиссии по исправлению богослужебных книг (1907–1917 гг.), фактически исполнял обязанности её секретаря, готовил справки в архиве Синода по истории исправляемых текстов. Входил в Комиссию по пересмотру правил об отношении церковной власти к обществам и союзам, возникающим в недрах православной церкви и вне её (1912 г.). С 1908 г. по 18 марта 1910 г. состоял в Комитете по реставрации Сампсониевского храма в Санкт-Петербурге в память Полтавской победы, в 1915 г. вошёл в состав Комиссии по ремонту и реставрации церквей. С 26 января 1915 г. – сверхштатный член Учебного комитета при Синоде. В январе 1915 г. вошёл в созданную при Петроградской духовной академии Комиссию по научному изданию славянской Библии, был членом Ревизионного комитета комиссии, присутствовал практически на всех её заседаниях вплоть до декабря 1920 г. С 1916 г. К.Я. Здравомыслов – действительный член Общества возрождения художественной Руси и член-корреспондент Общества любителей древней письменности, в марте 1917 г. вошёл в Совет созданного Союза российских архивных деятелей.