Проявлением «самодеятельности» в церкви Зарин считал богословскую науку, полагая, что «христианин имеет потребность, а при известных обстоятельствах и прямой долг, понять, согласовать христианское сознание со своим человеческим сознанием, уяснить отношение религиозного опыта ко всем другим опытам…» Священное Предание, по Зарину, «даёт лишь руководство, вдохновляет и направляет научную работу». Определяя таким образом цель богословской науки, он поднимал вопрос о «развитии догматов» в рамках православного богословия, опираясь на высказывания Василия Васильевича Болотова (1853–1900 гг.), Митрофана Дмитриевича Муретова (1851–1917 гг.) и Ивана Егоровича Троицкого (1832–1901 гг.). Зарин считал, что «догматическая деятельность Церкви в период Вселенских Соборов не исчерпала... всех истин Божественного Откровения», имея в виду, «что Церковь всегда юнеет, всегда обладает благодатными силами совершать свою творческую работу в областях – догматической, канонической, литургической и др.» Вместе с тем суть «догматического развития» он видел в том, чтобы формулировать божественную истину, «приблизив её к человеческому разумению людей известной культуры, известной исторической эпохи». К предметам, которые ещё требуют «догматизирования», С.М. Зарин относил вопросы природы человека, происхождения душ, отношения христианства к социальным и экономическим проблемам современного человечества. Большая часть его работ посвящена библеистике и аскетике. Основные публикации приходятся на время пребывания Зарина в канонической церкви (до перехода в обновленчество) и уже тогда получили высокую научную оценку. Опираясь на труды православных библеистов М.Д. Муретова, Николая Никаноровича Глубоковского (1863–1937 гг.) и др., Зарин выступал за православный, конфессионально ориентированный подход к Библии, главным принципом которого является следование Священному Преданию, «ибо Священное Писание составляет только лишь часть целостного Священного Предания, хранимого Вселенской Церковью». Библейскую науку он разделял на историю канона, историю текста и историю экзегетики, выступал против критического направления в протестантской библейской науке (Фердинад Кристиан Баур, Артур Древс и др.), не принимая положений, искажавших церковный взгляд на Библию. С.М. Зарин опровергал «мифологическую» теорию А. Древса о неисторичности Евангелий и недостоверности и «мифичности» евангельского образа Христа, якобы созданного в общинах, основанных апостолом Павлом. Древс полагал, что содержание записанных слов Иисуса Христа не выходило за рамки «более чистой нравственности иудейства того времени, не говоря уже о стоической и прочих нравственных системах эллинистической древности». Возражая, Зарин настаивал на том, что евангелисты не имели каких-либо литературных задач и, излагая историю жизни Христа, опирались на принципы современной им античной историографии; отмечал, что на историчность Евангелий указывают цельность описанного в них образа Иисуса Христа, географические, культурные, событийные подробности, связанные с Его земной жизнью. Он опровергал также теорию А. Древса, противопоставлявшую христологию иудеохристиан христологии языкохристиан. В отношении книги «Апокалипсис» Зарин разделял утверждение о том, что эта книга и Евангелие от Иоанна писались одним человеком, и о том, что понимание «Апокалипсиса» возможно только через систему образов и учение Евангелия от Иоанна.