В январе 1910 г. С.М. Зарин вошёл в состав образованных при синодальном Учебном комитете комиссий по пересмотру учебных программ по догматическому и нравственному богословию, литургике, церковному уставу и др. Ему принадлежит около 50 статей в «Православной богословской энциклопедии» (в том числе «Иоанн Лествичник», «Канон литургии (католической)», «Карфагенские соборы», «Катехизисы католические», «Книги апокрифические Нового Завета», статьи о некоторых папах Римских); из них 21 работа не опубликована, хранится в РГИА. Печатался в журналах «Христианское чтение», «Странник», «Голос Церкви», «Церковный вестник», «Церковные ведомости» и др. Награждён орденами св. Станислава третьей (1905 г.) и второй (1909 г.) степени, св. Анны второй степени (1912 г.), св. Владимира четвёртой степени (1914 г.). С.М. Зарин принимал участие в работе Поместного собора Православной Российской Церкви 1917–1918 гг. В марте 1918 г. командирован Советом Петроградской духовной академии в Москву для выяснения вопроса о дальнейшей судьбе духовных академий. Встречался с Патриархом Московским и всея России Тихоном (Беллавиным; 1917–1925 гг.) и с Владимиром Дмитриевичем Бонч-Бруевичем (1873–1955 гг.). С.М. Зарин был активным сторонником присоединения Петроградской духовной академии к Петроградскому университету с целью предотвратить закрытие академии. С 22 марта 1921 г. по май 1923 г. был профессором по кафедре нравственного богословия и агиологии в Петроградском богословском институте. Не позднее 1923 г. примкнул к обновленчеству. По словам Зарина, уже на Религиозно-философских собраниях он «проводил подлинно-православные, но считавшиеся тогда либеральными, положения о необходимости продолжения догматического развития в Церкви, об односторонности и недостаточности исторического монашества и т.д.», а в магистерской диссертации защищал идеи, являющиеся «отличительными для обновления, идеи равноценности брака и безбрачия, идею религиозной правды о земле и т.д.». Зарин участвовал в обновленческом Поместном Соборе 1923 г. В январе 1925 г. на обновленческом Всероссийском совещании клира и мирян избран в Предсоборную комиссию (под председательством обновленческого митрополита Евдокима Мещерского) по подготовке Вселенского и Поместного соборов. Участвовал в третьем обновленческом Поместном Соборе в октябре 1925 г., избран товарищем председателя. Сделал на Соборе доклад «О духовном просвещении», выступал в прениях по докладам обновленческих митрополита Александра (Введенского) «О современном положении православия» и протопресвитера Павла Красотина «О деятельности Священного Синода и о мероприятиях к примирению церковного разделения». С 1925 г. был членом пленума обновленческого Синода, секретарём его президиума, председателем юридического отдела, заведующим архивом, участвовал в последнем заседании Синода (29 апреля 1935 г.), на котором было принято решение о его самоликвидации. С декабря 1924 г. С.М. Зарин входил в состав Учебного комитета при обновленческом Синоде, затем стал заместителем председателя, подписал «Обращение ко всем деятелям богословской науки и духовного просвещения Православной Русской Церкви от собравшегося в Москве 27–31 января 1925 г. Совещания ученых богословов», тогда же вошёл в состав сформированного профессорского бюро. 18 мая 1925 г. был удостоен степени доктора богословия по совокупности трудов.