Поскольку латинский епископ островов Фердинандо Медичи пытался подчинить себе греческое духовенство, в 1480 г. Константинопольский патриарх Максим III обратился к дожу Джованни Мочениго с просьбой прекратить религиозное давление на греческое население принадлежащих Венеции островов. В результате власти республики распорядились прекратить нападки на греков. В свою очередь, папы Лев X, Климент VII и Павел IV издали обращённые к латинским клирикам запреты притеснять греческое духовенство. Когда в 1550 г. Коринфский митрополит назначил закинфца Пахомия Макриса епископом Кефалинии и Закинфа, недовольные кефалинийские клирики добились от властей утверждения прежней системы избрания архиереев. Впоследствии греческий предстоятель жил на Кефалинии, а латинский – на Закинфе. На Закинфе время от времени появлялись греческие хорепископы, осуществлявшие рукоположения и занимавшиеся административными делами. Таким хорепископом был Иоанникий Маркопул, который действовал на Закинфе с разрешения венецианских властей, но был обвинён перед ними собственным предстоятелем Пахомием Макрисом во вмешательстве в управление духовенством. В итоге функции хорепископа Иоанникия были ограничены участием в богослужении. В 1578 г. право назначения закинфского протоиерея было передано большому совету острова, избиравшему того на пять лет тайным голосованием. Протоиерей по разрешению дожа имел право в дни праздников Рождества Христова, Пасхи и апостола Марка (покровителя Венеции) помиловать трёх заключённых или сосланных. Приходским храмом протоиерея сначала была церковь Богородицы Лоретанской в верхней части города Закинтос, позже – храм Николая Чудотворца «тон Ксенон» – в нижней. В 1579 г. хорепископом Закинфа стал занимавший до этого престол Эгины Дионисий Закинфский. Когда епископ Кефалинии Никодим I Метаксас обвинил его перед венецианскими властями в превышении полномочий, Дионисий был вынужден отречься от хорепископства (1581 г.). В 1628 г. закинфец Парфений Доксарас был избран епископом Кефалинии и Закинфа; усилиями кефалинийца Никодима II Метаксаса епархия перестала подчиняться Коринфскому митрополиту, получив статус архиепископии. Парфений Доксарас ушёл в отставку. Занявший его место и столкнувшийся с недовольством закинфцев Никодим II Метаксас отлучил их от церкви в 1630 г. Когда те обратились в Сенат Венеции, обвиняя архиепископа в превышении полномочий и требуя отмены его избрания, кефалинийцы попытались там же оспорить этот иск. Сенат отверг жалобы закинфцев, но распорядился отменить наложенное на них отлучение. Вынужденный последовать этому указанию, архиепископ лишил закинфского протопопа ряда полномочий и назначил на остров своего управляющего. Эти действия Никодима II Метаксаса получили одобрение близкого ему Константинопольского патриарха Кирилла Лукариса, однако закинфцы обратились с жалобой к дожу, а Коринфский митрополит обвинил Никодима II Метаксаса перед патриархом в интриганстве и в издании «соблазнительных» для церкви книг.