Был арестован 25 сентября 1919 г. органами ВЧК, освобождён через неделю. Зиновий выступил решительным противником обновленчества. 28 июля 1922 г. организаторы местной группы «Живой церкви» явились к Зиновию и потребовали признания обновленческого Высшего церковного управления (ВЦУ). Зиновий ответил резким отказом, назвав обновленцев богоотступниками. 30 июля, во время воскресного богослужения, Зиновий объявил, что запрещает членов образованного обновленцами епархиального управления в священнослужении. 16 августа руководитель «Живой церкви» Владимир Дмитриевич Красницкий от имени ВЦУ известил Тамбовский губисполком об увольнении Зиновия на покой с удалением из пределов епархии, однако авторитет епископа был столь значительным, что власти не решились на его немедленный арест. 24 августа уполномоченный ВЦУ путём обмана убедил собрание тамбовского духовенства признать обновленческое руководство. Зиновий был вынужден согласиться на совместное управление епархией, встав во главе нового епархиального управления с участием обновленцев. При поддержке властей обновленцы стремились устранить Зиновия от управления епархией. В сентябре 1922 г. против Зиновия было начато следственное дело по обвинению в сокрытии церковных ценностей в тамбовском Покровском соборе. Уполномоченный ВЦУ потребовал от Зиновия на время следствия оставить должность епархиального архиерея. В ответ 27 сентября Зиновий объявил о разрыве с обновленцами, т.к. «представители новой церковной власти перестали считаться с канонами и в основу своей деятельности положили не апостольские и соборно-отеческие правила, а программу Живой церкви». 13 октября 1922 г. Зиновий произнёс в Покровском соборе получившую широкую известность так называемую громовую проповедь против обновленцев, после чего городское духовенство Тамбова порвало с обновленческим епархиальным управлением. В конце октября 1922 г. Зиновий был арестован вместе с клиром Покровского собора по обвинению в сокрытии церковных ценностей. Находился в тамбовской тюрьме в строгой изоляции. Приговорён революционным трибуналом к шести годам тюремного заключения. В 1923 г. был возведён в сан архиепископа, о чём узнал, находясь в Александровском централе (близ Иркутска), где отбывал наказание. В связи с амнистией срок заключения был сокращён до четырёх лет. Досрочно освобождён в начале 1924 г. по ходатайству патриарха Тихона. Приезд Зиновия в Тамбов вызвал массовое возвращение православных приходов из обновленчества в патриаршую церковь. По требованию местных властей Зиновий выехал из Тамбова в Москву. Участвовал в архиерейском совещании РПЦ 12 апреля 1925 г. Подал прошение об увольнении на покой Патриаршему Местоблюстителю Крутицкому митрополиту Петру (Полянскому.  В апреле 1926 г. выслан из Москвы. Проживал в Серафимовом Дивеевском во имя Святой Троицы женском монастыре, который продолжал существовать после официального закрытия как трудовая артель. 21 сентября 1927 г. при изгнании властями монашеской общины из Дивеевского монастыря арестован вместе с Дмитровским архиепископом Серафимом (Звездинским) и отправлен в Нижний Новгород. 8 октября освобождён из тюрьмы, доставлен в Москву, затем выслан в Муром, куда прибыл 15 октября 1927 г.