В 1652 г. кошевой атаман Фёдор Лютый (Лютай) перенёс Запорожскую Сечь на новое место. На реке Чертомлык Запорожскую Сечь приобрела черты государственного формирования. Высшим административным, законодательным и судебным органом Запорожской Сечи являлась рада. На войсковых радах обсуждались вопросы о заключении мира, о походах, о наказании преступников, о разделе земель и угодий, о выборе войсковой старшины. Войсковые рады обычно проходили в январе, 1 октября (на праздник Покрова Пресвятой Богородицы – храмовый праздник Запорожской Сечи) и на второй или третий день Пасхи. Во главе Запорожской Сечи стоял кошевой атаман, соединявший военную, административную, судебную, дипломатическую и отчасти церковно-административную власть. Кошевому атаману подчинялись судья, есаул, писарь, обозный и куренные атаманы, составлявшие правительство (старшину) Запорожской Сечи. Запорожское войско делилось на сечевых и зимовых казаков. Первые назывались «лыцарством» или «товарыством» и имели право выбирать из своего состава старшину, получать денежное жалованье и вершить дела войска. Во второй половине XVII – начале XVIII вв. запорожцы оказывали большое влияние на военно-политическую жизнь Речи Посполитой и России, осуществляли походы в Крым и в Турцию, участвовали в создании Гетманства (существовало в 1649–1764 гг.), в восстании Степана Тимофеевича Разина, в Азовских походах царя Петра I и в Северной войне. Наиболее известные кошевые атаманы в этот период – Иван Дмитриевич Сирко и Константин (Кость) Гордеевич Гордиенко. В мае 1709 г. Запорожская Сечь на Чертомлыке из-за присоединения запорожцев к гетману Ивану Степановичу Мазепе была уничтожена российскими войсками по приказу Петра I. Населению России было запрещено ездить в Запорожскую Сечь, запрещение подтверждалось в 1715 и 1716 гг. После разгрома шведов под Полтавой часть запорожцев ушла на юг и в 1709 г. основала новую Сечь при впадении в Днепр реки Каменки, на землях, принадлежавших крымским ханам. Неудача похода гетмана Филиппа Степановича Орлика в 1711 г. во главе объединённого казачьего, польского и татарского войска на Правобережную Украину заставила запорожцев бросить построенные укрепления и переселиться в урочище Алёшки, также в пределах Крымского ханства. Однако здесь казаки сразу же стали испытывать притеснения со стороны крымских татар и ногайцев и уже в 1720 гг. попытались вернуться в Россию, но Пётр I не пустил их. Строительство Новой Запорожской Сечи, на реке Подпильной, было начато по разрешению императрицы Анны Иоанновны в 1734 г. ввиду надвигавшейся Русско-турецкой войны. История этой Сечи исследована наиболее полно, поскольку сохранились её архив, описания и воспоминания современников. Её территория охватывала практически весь юг современной Украины, где жили около 100 тыс. человек. В 1740–1760 гг. российские власти на окраинах Сечи размещали военных поселенцев. Впрочем, это не мешало запорожцам участвовать в гайдамацких восстаниях на территории Речи Посполитой против социально-религиозного гнёта (наиболее известное – Колиивщина в 1768 г.). На стороне Российской империи запорожцы принимали участие в Русско-турецких войнах 1735–1739 и 1768–1774 гг. В конце апреля 1775 г. граф Григорий Александрович Потёмкин предложил ликвидировать Запорожскую Сечь. Для этой цели были использованы российские войска, возвращавшиеся с турецкого фронта. 14–16 июня практически без сопротивления Запорожская Сечь была уничтожена отрядами Петра Абрамовича Текели. 14 августа последовал указ императрицы Екатерины II о её ликвидации.