В Средние века Виталий был самым почитаемым епископом города, его считали святым покровителем местности Пинцгау, а также детей и беременных женщин. Оформление церковных структур было предпринято в 739 г. св. Бонифацием и стало результатом договорённости между герцого Теодоном II и папой Римским Григорием II (715–731 гг.), достигнутой в 716 г. и подтверждённой папой Римским Григорием III (731–741 гг.). Епископские кафедры были основаны в Регенсбурге, Зальцбурге, Пассау и Фрайзинге. Первым епископом Зальцбурга был Иоанн. При Виргилии (см. Виргил; 749–784 гг.) Зальцбург превратился в центр образования, искусства и культуры. Тогда же был построен первый кафедральный собор, задуманный, по мнению исследователей, как коронационная церковь герцогской династии Агилольфингов. В 774 г. к освящению собора из Вормса торжественно доставили мощи Руперта, который сначала стал почитаться как святой покровитель собора, а затем как покровитель города и земли Зальцбург. Успешная миссионерская деятельность позволила вскоре присоединить к епископству Зальцбург территорию заселённой славянами Каринтии, из-за которой впоследствии разгорелся спор с Аквилейским патриархатом. Конфликт был урегулирован франкским императором Карлом Великим. При преемнике Виргилия Арноне (см. Арно; 785–821 гг.) для защиты церковных владений была составлена древнейшая опись владений и имущества («Notitia Arnonis», 788–790 гг., краткая опись – «Breves Notitiae», около 798 г.), подтверждённая в 790 г. Карлом Великим. С этого времени в городе появляются представители светской власти – фогты, с X в. эту должность занимали представители рода Зигхардингов. По мнению исследователей, не без участия Карла Великого папа Лев III (795–816 гг.) возвёл епископа Арнона в сан архиепископа (798 г.), подчинив его власти прочие баварские кафедры (Фрайзинг, Пассау, Регенсбург, Бриксен (ныне Брессаноне, Италия), на короткое время Нойбург). Архиепископство Зальцбург охватывало баварскую область Кимгау, Тироль до долины Циллерталь, Каринтию, Штирию и юг Нижней Австрии (земли вокруг Вены в 829 г. были переданы епископу Пассау). До появления в этом регионе венгров (начало X в.) миссионерская деятельность Зальцбургских архиепископов распространялась в Паннонии вокруг озера Балатон – от реки Рабы на западе и Дравы на юге до Дуная на севере и востоке. В 866–870 гг. здесь были с миссией славянские первоучители святые равноапостольные Кирилл (Константин) и Мефодий. После смерти Константина Мефодий возглавил миссию в Паннонии, в 869 г. он стал первым епископом восстановленной Сремской епархии (в настоящее время входит в состав Сербской православной церкви), включившей ряд территорий, на которые претендовало Зальцбургское архиепископство, что стало причиной обострения борьбы между Мефодием и восточнофранкским духовенством. Зальцбургский архиепископ Адальвин был одним из организаторов ареста Мефодия. В первой половине X в. Зальцбург неоднократно подвергался разрушительным набегам венгров, закрепившихся в Трансильвании, а затем и в Паннонии. Уже в годы, предшествовавшие борьбе за инвеституру, архиепископы Зальцбурга показали себя как самостоятельные политики, стремившиеся к независимости от императора Священной Римской империи.