При митрополите Герасиме (1777–1804 гг.), во время Австро-турецкой войны 1788–1791 гг., многие священники выступили на стороне Австрии, поэтому впоследствии были вынуждены бежать в Срем. При епископе-сербе Иоанникии (1804–1807 гг.), во время первого сербского восстания в 1807 г., повстанцы напали на Зворник и Биелину, за это турки подожгли монастыри Тавна и Рача, разорили монастырь Озрен и убили семь священников. В фирмане, изданном 5 февраля 1808 г. сараевским судьёй, содержится единственное упоминание о митрополите Зворникском Евгении, который в тот момент временно управлял Дабро-Босанской епархией. Митрополит Гавриил Хромой (1808–1837 гг.) обновил монастыри Тавна и Троноша, построил церковь в Зворнике, открыл сербские школы в Зворнике, Локане и Тузле. В 1831 г., после предоставления в 1830 г. автономии княжеству Сербия, из состава Зворникской митрополии были выделены самостоятельные Ужицкая (позже вошла в состав Жичской епархии) и Валевская (см. Шабацко-Валевская епархия) епархии. В 1852 г. кафедра была перенесена в Тузлу, но при этом в документах Константинопольской патриархии она продолжала называться Зворникской, а её архиерей носил титул «архиепископ и митрополит Зворникский и экзарх Верхней Далмации». Митрополит Агатангел (1848–1861 гг.) призывал священников заниматься духовным образованием детей и молодёжи. В 1858 г. в епархии произошло антитурецкое восстание под руководством протоиерея Стефана Аврамовича, и митрополит Агатангел отменил уплату третьей части епархиального дохода турецкому правительству. Турки жестоко подавили восстание, а владыку отозвали в Константинополь. В 1861 г., при митрополите Дионисии I (1861–1865 гг.), турецкие власти разрешили строительство церквей, и это способствовало подъёму епархии. В 1865 г. на кафедру был избран серб Дионисий II (Илич; до 1868 г. и в 1872–1891 гг.). Во время его правления при подавлении сербского восстания 1875 г., в котором принимало участие и духовенство, турки сожгли монастырь Тавна и расправились с братией, а после оккупации Боснии и Герцеговины Австро-Венгрией (1878 г.) начались притеснения сербов: в 1879 г. была проведена ревизия сербских школ с целью изъятия книг на кириллице. Митрополит Дионисий II выступал против перехода епархии из юрисдикции Константинопольского патриарха в юрисдикцию Карловацкой митрополии, находившейся под контролем Австро-Венгрии, и изъятия русских богослужебных книг, что привело к его отставке. Администратором митрополии в 1891–1892 гг. был архимандрит монастыря Тавна Александр (Симич). При митрополите Николае (Мандиче; 1892–1896 гг.) в епархии строились церкви, в школах было введено преподавание Закона Божия.