Исследователям неизвестно, как долго существовала митрополия в Сребренице, т.к. после 1455 г. она больше не упоминается в источниках, что было вызвано, как полагают исследователи, турецким завоеванием. По мнению исследователей, часть митрополии перешла в юрисдикцию Арильской митрополии, а другая часть вошла в Сремскую епархию. В конце XV – начале XVI вв. на территории Северо-Восточной Боснии в границах Зворникского санджака была создана Зворникская епархия. Одни учёные считают, что Зворник стал резиденцией православного епископа при основании санджака, другие – после завершения его административной организации. Согласно сохранившейся в монастыре Папрача надписи, первым Зворникским епископом был поставлен епископ Феофан. Вместе со Смедеревским митрополитом Павлом он добивался независимости Печской патриархии от Охридской архиепископии, за что на Охридском соборе 1532 г. оба были отлучены от церкви. На кафедру был назначен епископ Доментиан, но сведений о его прибытии к месту служения не сохранилось. Исследователи полагают, что епископ Феофан, проигнорировав решение Собора, остался на кафедре и вместе с митрополитом Павлом продолжил борьбу, т.к. на Соборе 1541 г. они были осуждены повторно. В Зворник был снова направлен епископ Доментиан, но на кафедре он так и не появился. После восстановления в 1557 г. Печской патриархии Зворникская епархия в ранге митрополии вошла в её юрисдикцию. В составе епархии в тот период были области Ядар и Мачва на правом берегу Дрины, на левом берегу – Сребреница, Зворник, Биелина, Соли и Грачаница. Печский патриарх Макарий (Соколович) добился от султана разрешения на строительство и обновление церквей. Первым известным Зворникским митрополитом был Павел, упоминавшийся в 1561 и 1576 гг., затем – Георгий, Феодосий (1601, 1602 гг.), Гавриил (1627 г.), Константин (1629 г.), Лука, Вениамин, Исаия, Анания (1674 г.). В 1690 г. митрополит Герасим во время великого переселения сербов вместе с Печским патриархом Арсением III ушёл в Австрию. После этого епархией управляли Дабро-Босанские, Валевские и Ужицко-Арильские епископы, один из них, Алексий (Андреевич), бежавший в 1737 г. в Австрию, носил титул «епископ Ужицко-Арильский и митрополит Зворникский». После упразднения Печской патриархии в 1766 г. сербские епархии перешли в юрисдикцию Константинопольской патриархии, Зворникская епархия была объединена с Ужицкой и возведена в ранг митрополии, заняв 60-е место в списке епархий Константинопольской патриархии. В 1767 г. митрополитом был поставлен грек-фанариот Григорий, в 1773 г. он был перемещён на другую кафедру.