Спаситель изображён дважды. В конхе диаконника – Деисус (возможно, повторяющий иконографию раннего слоя живописи), в арках протезиса и диаконника – образы ветхозаветных первосвященников. Изображение Пантократора (в куполе) не сохранилось: в верхнем ряду барабана представлены 12 ангелов, в нижнем – 12 пророков, в парусах – евангелисты, вверху подпружных арок – Мандилион и Керамион, на сводах – праздничный цикл: «Благовещение» – на восточной стене по сторонам алтаря, «Крещение» и «Распятие» – на северном своде, «Воскрешение Лазаря», «Вход в Иерусалим» – на западном своде, «Вознесение» и «Сошествие Святого Духа» – на восточном своде. В замках сводов – пророки в медальонах и Ветхий денми. Ниже, вдоль периметра храма, композиции Страстного цикла. Они детализированы и экспрессивны, как, например, сюжет «Изготовление гвоздей». Ярусом ниже (подобно фризам в каппадокийских храмах Х в.) размещены поясные образы сорока Севастийских мучеников. На западной стене расположено «Успение Пресвятой Богородицы». В нижнем регистре – фигуры святых и ктиторов в рост: среди них – апостолы Пётр и Павел, архангел Михаил, святые Иоанн Рильский и Иоаким Осоговский. На южной стене сохранилась часть ктиторской надписи, в которой упомянуто имя деспота Деяна. Там же изображён пожилой ктитор (которого исследователи отождествляют с вельбуждским деспотом Деяном, середина XIV в.) с женой Доей (Теодора-Евдокия) и двумя детьми. На западной стене представлены портреты Витомира и Стойо. Иконография и манера поздней росписи Земенского монастыря имеют аналоги в росписи периферийных балканских храмов второй половины XIII – XIV вв.: Манастира (церковь святителя Николая, 1271 г.), св. Иоанна Богослова в Канео близ Охрида (конец XIII в.). Их стиль определяет ориентация на классицизирующую манеру письма раннепалеологовского времени, плоскостность, графичность, условные моделировки и локальные цвета. Во дворе монастыря находятся два соединённых между собой помещения и небольшая колокольня (XIX в.). В 1973 г. во дворе был раскрыт древний некрополь. Земенский монастырь объявлен памятником национальной культуры, и в 2008 г. указом министра культуры Болгарии в целях сохранения исторического наследия в нём было запрещено проведение служб.