В ноябре 1922 г. епископ Андрей принял покаяние Златоустовского епископа в грехе уклонения в раскол, после чего епископ Николай написал пять писем против обновленчества, которые разошлись по епархии (от 16, 23, 25, 27 и 29 ноября). Епископу Николаю пришлось давать объяснение по поводу своих действий на собрании приходских советов Златоуста 17 ноября, а затем повторить его письменно 25 ноября. Основными причинами, заставившими его порвать с ВЦУ, епископ Николай назвал нарушение обновленцами канонов и правил церковной дисциплины, кощунственное отношение к церковным таинствам и отсутствие в расколе единовластия. Письма епископа Николая нанесли удар по обновленчеству в Уфимской епархии. Воссоединив Златоустовского викария с православной церковью, епископ Андрей совершил с ним в кафедральном Свято-Троицком соборе Златоуста две тайные (ввиду угрозы от властей) хиротонии викариев Уфимской епархии: 17 ноября архимандрит Трофим (Якобчук) был хиротонисан во епископа Бирского, 18 ноября иеромонах Марк (Боголюбов) был рукоположён во епископа Стерлитамакского. В конце ноября 1922 г. в уфимском Воскресенском соборе состоялось собрание православного духовенства и мирян, которое единогласно избрало епископа Андрея временно управляющим Уфимской епархией на период нахождения под арестом законного Уфимского архиерея епископа Бориса (Шипулина). После этого епископ Андрей принял от Златоустовского епископа временное управление Уфимской епархией и объявил её на автокефальном положении до восстановления законной высшей церковной власти (с мая 1922 г. до 25 июня 1923 г. патриарх Тихон находился под арестом). Одновременно епископ Андрей усвоил Златоустовскому викариатству самостоятельный статус, хотя епископ Николай сохранил титулование по первому городу, т.е. фактически речь шла об образовании полусамостоятельной Златоустовской епархии. В 1922–1923 гг. происходило изменение гражданского административно-территориального деления, затронувшее территорию Златоустовского викариатства. Постановлением ВЦИК от 17 августа 1922 г. Златоуст и семь из двадцати волостей бывшего Златоустовского уезда отошли от Башкирской АССР (образована 14 июня 1922 г.) Челябинской губернии в качестве Златоустовского уезда, тем самым территория Златоустовского викариатства оказалась поделённой между двумя гражданскими административно-территориальными образованиями. 3 ноября 1923 г. Челябинская, Екатеринбургская, Пермская и Тюменская губернии были объединены в Уральскую область, которую разделили на 15 округов. На территории бывшей Челябинской губернии было образовано четыре округа: Челябинский, Златоустовский, Троицкий и Курганский. В марте 1923 г. Златоустовский епископ вновь перешёл на сторону обновленческого ВЦУ и занял Златоустовскую обновленческую кафедру. Златоуст посылал представителей на обновленческий собор 1923 г., епископ Николай в соборе не участвовал. Влияние на верующих антиобновленческих посланий епископа Николая, написанных в предшествующем году, было так сильно, что Уфимское обновленческое епархиальное управление поручило своим делегатам просить Собор о том, чтобы епископу Николаю было предписано обратиться к верующим Уфимской епархии с разъяснением по поводу этих писем и своего нового признания обновленчества.