Кроме того, на территории уезда действовали известный на Урале единоверческий Воскресения Господня мужской монастырь и две единоверческие женские монашеские общины: Тихвинская в Златоусте и в честь св. Анны Кашинской в Сатке (учреждены в 1903 и 1912 гг. соответственно). Кафедральным храмом Златоустовского викария стал Свято-Троицкий собор Златоуста. Однако основным местом пребывания епископа по-прежнему оставалась Уфа. 18 октября 1918 г. в ожидании скорого захвата Уфы большевиками епископ Андрей принял решение покинуть город вместе со своим викарием и разрешил уфимскому духовенству эвакуироваться на восток. Епископ Андрей благословил Уфимский епархиальный совет на переезд в Златоуст, во главе Уфимской епархии поставил Златоустовского епископа Николая. К руководству кафедрой епископ Андрей ненадолго возвращался в марте–мае 1919 г., когда губерния находилась под властью адмирала Александра Васильевича Колчака. Епископ Николай управлял Уфимской епархией до окончания боевых действий на территории Уфимской губернии (июль–август 1919 г.), в течение этого времени в Златоусте действовал Уфимский епархиальный совет. После того как Красная Армия заняла Златоуст, епископ Николай и большинство членов епархиального совета эвакуировались с белыми войсками. По некоторым данным, епископ Николай был арестован в Омске, но после заявления о лояльности советской власти был освобождён и вернулся в Златоуст (ноябрь 1920 г.). Вскоре после убийства в Уфе 18 августа 1921 г. временно управляющего Уфимской епархией епископа Охтинского (Охтенского) Симона (Шлеёва) Златоустовский викарий был вновь призван к управлению Уфимской епархией, которое продолжалось до прибытия в Уфу в начале 1922 г. епископа Бориса (Шипулина), назначенного епископом Уфимским и Мензелинским. В мае 1922 г. начался обновленческий раскол, инспирированный ГПУ. Вскоре после ареста патриарха Тихона и появления обновленческого Высшего церковного управления (ВЦУ) разномыслие обнаружилось и среди священнослужителей Уфимской епархии. Особую активность проявляли отдельные представители духовенства в епархиальных центрах – Уфе и Златоусте. Уполномоченным от ВЦУ по Уфимской епархии в начале августа был назначен златоустовский священник В. Лобанов. Уфимский епископ Борис долгое время не признавал ВЦУ. Однако 22 августа собрание духовенства Уфимского городского благочиния под председательством епископа Бориса «ради мира церковного» и в силу «внешних обстоятельств» (т.е. под давлением со стороны властей) заявило о признании ВЦУ на «временном и условном основаниях». Большое влияние на это решение оказало воззвание Владимирского и Шуйского митрополита Сергия (Страгородского), Нижегородского и Арзамасского архиепископа Евдокима (Мещерского) и Костромского и Галичского архиепископа Серафима (Мещерякова), опубликованное в обновленческом печатном органе «Живая церковь» 16 июня 1922 г., в котором признавалось ВЦУ. 24 августа 1922 г. окружное пастырско-мирянское уфимское благочинническое собрание в присутствии епископа Бориса практически единогласно одобрило резолюцию уфимского духовенства и постановило признать ВЦУ центральным органом управления Русской церкви «до установления Поместным Собором постоянной формы церковного управления, с тем чтобы созыв Собора должен быть не позднее мая месяца 1923 г., и чтобы в состав Высшего церковного управления были привлекаемы представители провинциальных епархий, и чтобы ВЦУ воздерживалось от коренных церковных реформ и лишь подготовляло их к предстоящему Собору».