Остальные сёстры разорённой обители, вероятно, проживали в близлежащих Задонске, Донском, Тюнине и др. Так, находившаяся в Тюнине до 1931 г. насельница Дарья Павловна Болдырева была арестована и осуждена к лишению свободы вместе с приютившей её семьёй. 23 мая 1989 г. прокуратура Липецкой области утвердила заключения о реабилитации 15 священнослужителей и монахинь Задонского монастыря. С 1930 г. территория и постройки Задонского монастыря принадлежали колхозу, МТС, совхозу «Задонский», затем ТОО «Задонское». В Александро-Невском храме, который находился в одном корпусе с трапезной, богадельней и настоятельскими покоями, размещались механические мастерские. К началу 1990 гг. о церковном назначении здания напоминали лишь выщербленные колонны, сводчатые окна и дверные проёмы. От колокольни и главных ворот остались руины. Источник-колодец Тихона оказался под конторским зданием, при сооружении которого использовались стены Богородицкого храма (1813 г.). На Вознесенском соборе был утрачен один из пяти барабанов. По рассказам моториста Д.И. Лобеева, барабан «стал явно наклоняться, и грозил упасть. Пришлось его разобрать, а крышу в этом месте залить бетоном». Стены собора покрывал слой чёрной копоти после пожара и взрыва котла: «...Руководители хозяйства решили соорудить на Пасху сауну, поставили котёл, выпили. Попарившись, забыли выключить агрегат, который, перегревшись, взорвался. Взрыв котла вынес все двери и окна. Будь в мастерских люди, без жертв не обошлось бы». С осени 1994 г. по благословению митрополита Воронежского и Липецкого Мефодия (Немцова) Задонский монастырь восстанавливали насельники задонского Рождество-Богородицкого мужского монастыря с наместником архимандритом (с 1996 г. – епископ) Никоном (Васиным). Решением Священного Синода РПЦ от 26 декабря 2002 г. Задонский монастырь был возобновлён, старшей сестрой, а с 2004 г. – настоятельницей стала монахиня Арсения (Семёнова). К сентябрю 2008 г. в Задонском монастыре проживали пять монахинь, четыре инокини, две послушницы, трудницы. Восстановлены Вознесенский собор, старый келейный корпус, построены трапезная с домовой церковью во имя князя Александра Невского, купель на источнике Тихона. Новую трапезную со старой соединяет тёплая галерея, ведётся внутренняя отделка помещений, где разместятся кельи игуменьи и сестёр, канцелярия и библиотека. Богослужения начинаются с чтения правила в 6 часов утра, полунощницы, акафиста Божьей Матери и малого монашеского правила. Сёстры читают неусыпаемую Псалтирь. В числе реликвий – портрет последней настоятельницы игуменьи Мелитины. В день мученической кончины игуменьи Мелитины и духовника обители священника Г. Аргунова служатся панихиды. В престольные праздники, в дни Великого поста и на Светлой седмице богослужения в Задонском монастыре совершает епископ Липецкий и Елецкий Никон (Васин).