Однако вскоре обнаружилось, что Алексий, «помимо прекрасных душевных своих качеств, оказался далеко малоспособным при устройстве обители и введении порядка в ней». По прошению В.П. Воейкова, поданному архиепископу Серафиму, строителем Задонского монастыря был оставлен архимандрит Димитрий (Григорьев). После кончины архимандрита Димитрия с сентября 1882 г. Задонский монастырь возглавлял благочинный задонского Богородицкого монастыря игумен (впоследствии архимандрит) Кассиан. По свидетельству современников, Кассиан «пользовался в народе большим уважением как исповедник. У него, говорят, проездом в Задонск любили исповедоваться воронежские архипастыри». После архимандрита Кассиана обязанности настоятеля исполнял казначей Задонского монастыря иеромонах Алексий, утверждённый в этой должности указом Святейшего Синода от 17 сентября 1910 г. (с 1912 г. – в сане игумена). В 1891 г. в Задонском монастыре проживали 22 монашествующих, 36 послушников и 12 наёмных рабочих, в 1917 г. – больше двадцати монашествующих и около сорока послушников. Задонский монастырь посещали Московский митрополит Макарий (Булгаков), архиепископы и епископы Алексий (Ржаницын, Палладий (Раев), Антоний (Смирницкий), Серафим (Аретинский), Вениамин (Смирнов), Анастасий (Добрадин), Леонтий (Лебединский), Макарий (Миролюбов), Феогност (Лебедев), Макарий (Троицкий), Нестор (Метаниев) и др. В Задонском монастыре почитались первые насельники «Скита» иеросхимонах Тихон (Кривской) и схимонах Спиридон (Куликов), который перешёл в Задонский Тихоновский монастырь из задонского Богородицкого монастыря «по любви к уединённой жизни». По свидетельству иеромонаха Геронтия, лично знавшего старца Спиридона, «тот за несколько дней предузнал свою кончину; умер тихо 23 мая 1881 г. с Иисусовою молитвою на устах, лобызая при этом находившиеся в руках его монашеские чётки. Погребён был с правой стороны алтаря Тихоновской церкви – рядом с могилою иеросхимонаха Тихона». За алтарём Тихоновского храма был погребён также и иеромонах Мелхиседек, старец «редкой честности и правдивости своего характера». Насельники и настоятели Задонского монастыря обращались за советом к оптинским старцам преподобным Льву (Наголкину), Амвросию (Гренкову), Макарию (Иванову). Феофан Затворник не только высылал в дар архимандриту Димитрию свою книгу «Сборник святоотеческих писаний о молитве в сердце к Богу», но и состоял с ним в переписке. На сомнения Димитрия, в силах ли он помимо трудов по управлению Богородицким монастырём строить Задонский Тихоновский монастырь, святитель отвечал: «Спрашиваете, не погрешаете ли, продолжая нести иго начальствовать? Нет. Вы обязаны нести его, пока начальство не скажет: «Довольно». Как оно не только не сказывает этого, напротив, налагает на Вас новое дело, зная Ваши немощи телесные, то Вам совсем не след и на ум принимать вопроса, не следует ли оставить труды?». В 1874 г. к юго-западу от Тихоновского храма был выстроен двухэтажный больничный корпус с покоями настоятеля и домовой церковью, освящённой 12 сентября 1875 г. в честь икон Божьей Матери «Знамение», «Владимирская» и «Всех скорбящих Радость», а также во имя великомученика Пантелеимона и великомученицы Варвары.