В 1925 г. в Задонском викариатстве началось активное возвращение духовенства из обновлеченства в каноническую церковь. О ситуации с храмами бывшего Задонского викариатства в конце осени 1925 г. протоиерей-обновленец Николай Долгополов доложил начальнику задонской волостной милиции, который передал полученные сведения в Воронежский губернский исполком. Согласно этим документам, за обновленцами в Задонске оставались три храма Рождество-Богородицкого монастыря и кладбищенская Казанская церковь, «тихоновские» общины использовали Успенский городской собор, Троицкий храм Свято-Троицкого Скорбященского женского монастыря и бывшую больничную церковь Николая Чудотворца (Государственный архив Липецкой области). За время существования обновленческой Задонской епархии её возглавляли: в 1922 г. – Иоанн (Болховитинов), его сменил Алексий Щербаков, управлявший с мая 1923 г. по 1924 г. также обновленческой Воронежской епархией, в 1924 г. – Филипп Власов, с конца 1924 г. по начало 1925 г. – Иоанникий Чекановский, с конца 1925 г. по 1927 г. – Андрей Смирнов. В 1934–1954 гг. Задонский район входил в Орловскую епархию, в 1954–2003 гг. – в Воронежско-Липецкую епархию. С 19 октября 1935 г. по март 1937 г. один из Елецких архиереев – архиепископ Серафим (Протопопов) имел титул «Елецкий и Задонский». 11 июня 1993 г. Задонское викариатство было возобновлено в составе Воронежско-Липецкой епархии как титулярное. С 21 июля 1993 г. до 26 февраля 1994 г. викарную кафедру занимал епископ Никон (Миронов). 1 марта 1996 г. во епископа Задонского был хиротонисан наместник задонского Рождество-Богородицкого монастыря архимандрит Никон (Васин). При нём местом пребывания епископа стал Рождество-Богородицкий монастырь. Согласно определению управляющего Воронежской епархией, в обязанности епископа Задонского помимо управления Рождество-Богородицким монастырём входило попечение о восстановлении всех задонских обителей и некоторых приходских храмов на территории Задонского района, в 1998–2002 гг. – исполнение обязанностей секретаря епархии по Липецкой области. С периодом управления Задонским викариатством епископом Никоном (Васиным) связано много значимых событий, среди которых – восстановление и строительство более 50 монастырских и приходских храмовых и вспомогательных зданий, возобновление иноческой жизни в Рождество-Богородицком, задонском Тихоновском в честь Преображения Господня и задонском Тюнином монастырях, обретение мощей задонских подвижников, развитие паломнической деятельности, издание ежемесячной газеты «Задонский паломник» (с 1994 г.; до 2000 г. газета имела название «Задонский благовест») и духовно-просветительной литературы и др. 7 мая 2003 г. решением Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Священного Синода Задонское викариатство  вошло в состав новообразованной Лиецкой и Елецкой епархии, Задонский епископ Никон был временно назначен управляющим новообразованной епархией. 26 декабря 2003 года епископ Никон назначен епископом Липецким и Елецким. С этого времени Задонское викариатство не замещалось.